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这些岛屿上的居民告诉达尔文，他们区别各个岛屿的乌龟，不仅是根据其大小，而且还根据其它一些特征。达尔文在对生长在加拉帕戈斯群岛上的动物和植物作了调查之后，得出了一个使人很感兴趣的结论：鸟类、爬虫类、昆虫和其它一些种类的生物，都是这些岛屿上的“原有居民”，它们在其它地方是见不到的；从所指出的在各个岛屿上的乌龟之间的差别也可推及到其它各类动物。同时它们又都表现出与生长在美洲的动物有着明显的种属关系，尽管五百六十海里这一广阔的海洋地带把它们同大陆隔离开来。当然，更确切的材料是他后来在英国经过专家们对收集品进行整理加工之后得到的。但是，毫无疑问，这些事实本身他在当时当地就已经看清了。例如，他在这里曾经找到了一只特殊的、对美洲大陆来说是十分典型的白兀鹫，一只凤头鸡，三只非常厉害的鹟和一只斑鸠。这些动物都和美洲的很相似，但毕竟又有所不同。他还看到一种特殊的燕子（它与美洲的很接近）和几只反舌鸫（它们是美洲所特有的）。特别有意思的是几只花鸡，它们的种类不同，嘴的形状也不同：有宽形的，象蜡嘴雀的嘴；中等类型的，象海雀的嘴；有更尖细的，象知更鸟的嘴；有的象舍契德雀一类鸟的嘴，很象旋木雀的嘴。
所有这些观察对达尔文进化观点的发展，具有重大的意义。按照当时博物学家们通常所固有的观点来看，动物和植物是由“理性的始因”为它们所预先决定的要生存于其中的和它们正在其中生存的那一环境而创造的。因此，根据这一观点来看，在这些离大陆很远的土壤性质相同的热带岛屿上的动物群和植物群，都应当是相同的，即使这些岛屿彼此距离很远（象佛得角群岛和加拉帕戈斯群岛那样）也是如此。但是达尔文吃惊地发现，情况并不是这样，恰恰相反，位于热带美洲以西的加拉帕戈斯群岛上的动物群和植物群，却与美洲的形态接近。而佛得角群岛上的动物群和植物群则与靠近大陆即非洲的动物群和植物群接近。同时，虽然岛屿上的动物和植物与靠近大陆的动物和植物接近，但它们毕竟不同，前者以其一定的特征而区别于后者。这就使人们认为它们都是由一个共同的根源产生的，因而又使人们认为物种是可变的，物种是进化的。
“为什么生长在加拉帕戈斯群岛上的基本生物是按美洲类型的生物创造出来的呢？”——这是达尔文为自己提出的问题。
诺拉·巴尔劳在一八三五年发表了达尔文关于加拉帕戈斯群岛上的反舌鸟的手稿：
秦卡鸟。这种鸟从外表上看，同智利的秦卡鸟极接近。这是一种活泼、敏锐、活动性强、跑得很快的鸟，常栖息在房屋的旁边，以便啄食那些挂出来（晒干）的龟肉，它们叫得相当好听；据说它们筑的巢很简单，是露天的，这种鸟很轻信，它有着和其他的鸟所共有的特征。不过我认为，无论是它们的歌声或叫声都和智利的秦卡鸟有所不同。它们在整个岛上非常多，它们主要是被房屋和耕地吸引到一些（较）高的、潮湿的地方去。
我有从四个大岛上弄来的几只这种鸟；从查塔姆岛和阿尔贝马尔岛上弄来的几只看起来是一样的，但是另外两只则和（它们）不同。只有这一种在每个岛上都能碰到：它们的习性很难区别。
我回想起这样一个事实，就是西班牙人根据乌龟躯体的形状、甲壳的轮廓和体职的大小，能够立即说出这个或那个乌龟是从哪个岛上弄来的。我看到一些岛屿，它们一个接一个地排列起来，这些岛屿上只有有限的几类动物，在这些岛屿上栖居的鸟类在结构方面没有很大的差别，它们在自然界聚集在同样的地方。当我想到和看到这些情况时，我不能不作出这样的推断：它们只不过是一些变种。在这方面我所知道的唯一事实，就是正如人们所经常断言的那样，在福克兰群岛东岛和西岛的狼形狐之间是有区别的。如果说这种见解多少有些根据的话，那么对这个群岛上的动物学就非常值得加以研究了，因为这类事实是会驳倒物种不变的观点的”。
这是我们知道的达尔文最早所明确表明的关于进化的见解。
一八三五年十月二十日，“贝格尔”号从加拉帕戈斯群岛向西航行，开始进行三千二百公里的长距离的转移。由于天气晴朗，又是顺风，所以这次转移并不困难。“贝格尔”号穿过了低群岛或者叫做危险群岛，在这里由一些地势低的珊瑚岛形成的一些环形，环形内有一些静水构成浅水海湾，刚刚露出海面。十一月十五日，“贝格尔”号驶抵旅行史上有名的塔希提岛，在马塔凡湾停泊下来。象访问过这个岛屿的一切旅行家一样，达尔文也对山脚旁的这个低地十分赞赏。这个低地由一些构成静水海湾的珊瑚礁挡住了海浪，而这个静水海湾则可以用作停泊船只的港湾。低地上长满了非常好看的热带植物——香蕉树、橙子树、椰子树和面包树，而在开辟出来的空地上则种着参薯、西洋甘薯、甘蔗和菠萝。长着极其好看的大叶子、叶子上又有很深切口的面包树是塔希提岛热带风景的独特之处。达尔文在《日记》中写道：“当看到整块整块的树丛，树干粗壮、枝叶密茂（象英国的栎树）、同时又结满了营养丰富的累累硕果时，真使人为之惊叹……
当看到这些美妙的树林，一想到它们将带来很大的利益时，就更使人为之赞叹不已。”
这个岛上的居民给达尔文留下了极其愉快的印象。
第二天，将近两百个当地人划着小船把“贝格尔”号包围起来，并且登上甲板要作买卖。早饭后，达尔文到近处的高达六百——八百米的陡峭的山上去游览，从那里可以清楚地看到邻近的一个被暗礁所包围起来的爱米奥岛。
当达尔文从山上下来时，一位当地人迎接了他，并用香蕉、菠萝、嫩椰子汁来招待他，这种椰子汁真使在炎热的太阳下游玩之后的达尔文十分解渴。达尔文同他约好，第二天由塔希提人带他沿提阿乌拉河谷往上走到这个岛的最高的地方去，提阿乌拉河在离金星角不远的地方入海。在生长茂密的各种各样植物之间，有一条深深的狭谷，狭谷之间是一条河床，这条道路就顺着这条河床向前延伸，路上风景美丽如画。几位向导带了一个挂在铁环上面的小鱼网，潜入河水深处，“真象水獭那样，瞪大眼睛，窥视着各个角落和穴洞中的鱼，就这样来捉鱼”。后来，当这条河流在上游分成几条小支流，象瀑布一样降落下来时，塔希提人和达尔文便开始沿着几乎是陡直的斜坡上那些稍微突出的部分向上爬，要不是各种植物遮住了他们脚下的那些深不可测的山谷的话，达尔文未必会在这里向上攀登。
在河岸上挂满熟香蕉的香蕉树林里，塔希提人用一些竹竿、树皮和香蕉叶，很快造成了一个小屋子来过夜，而用枯萎的树叶当被褥。塔希提人把一根木棍的一端在另一根木棍上的孔眼处转上几圈，很快就取得了火，把篝火点燃起来；他们用篝火把一些石头烧热，然后把用叶子包起来的牛肉块，鱼肉块、香蕉和欧竽头放在这些石头上面，并全部盖上土。二十五分钟之后，晚饭就非常理想地完全烤制成了。第二天凌晨，下了一阵暴雨，但是由于这几个行路人躲在用芭蕉叶盖的屋顶下，所以没有被淋透。他们沿着原来陡峭的山坡往下走，二十日中午时分回到了马塔凡。
第二天，菲茨·罗伊命令起锚，“贝格尔”号开往新西兰。
在无边无际的太平洋上经过长期航行之后，十二月十九日达尔文及其旅伴们远远地望见了新西兰。次日，“贝格尔”号驶进北岛的群岛湾，并在这里停下来。这个外形柔和岗峦起伏的国家，被许多海湾切成一小块一小块，近处被蕨类植物所覆盖，远处则被一片片的树林所覆盖。岸上的茅舍用作传教士及其仆从和工人停留的地方。英国人住在那些粉刷得洁白的小屋子里，当地人则住在那些小窝棚里。
达尔文预定在第二天对周围地区的游览并不是轻松的，因为这里长满了茂密的蕨类植物和灌木，许多小河和很深的海湾又截断了道路。这里无论在什么地方，而尤其是在丘陵地带，到处都可以看到过去构筑的工事、台阶、台地和堑壕的遗迹。在达尔文所处的时期构筑的新工事已经是另外一种情况了，它们构筑在平坦的地方，其形状是两道曲折的栅栏，栅栏外面再堆起一些土围墙。早在科克舰长航行时期就表现得非常英勇的新西兰人，在达尔文所处的时期还保持着这种英勇精神，并且具有残忍、粗暴和狡猾的特点。
十二月二十二日晚，达尔文和菲茨·罗伊到科罗拉季卡这个大村庄去闲游了一次。当时新西兰住有许多流放犯，那些传教士们对本国同胞所作所为的不满远远超过了对当地人所作所为的不满。传教士们甚至常常请求当地的领袖来保护他们，免遭其他国人和英国人的欺侮。
十二月二十三日，达尔文坐着一条小船，沿着一道小湾，在英国领事布贝和一位新西兰领袖的陪同下，到一个距离群岛湾有十五海里的叫作惠马特的小地方作了另一次短途旅行。这位新西兰的领袖是达尔文深入新西兰各村庄去旅行时的向导。这里的居民们吃的是欧洲人运来的马铃薯、蕨类植物根和海滨的一些软体动物。当地人见面时要通过相互碰鼻子和握手来表示欢迎对方。他们的茅屋很象肮脏的露天牛棚，这种茅屋有一堵墙把一间用来睡觉和保存财物的小屋隔开。
这里土地肥沃，属于火山土壤。覆盖在土地上面的蕨类植物，在那些从前长着树木、后来被烧光并加以开垦的地方，长得非常茂密。在树林里，达尔文观赏了那些高大的贝壳杉松，这种松树的根部，周围约有十米长。树干高达二十五英尺，树干上没有树枝，是一种光滑的圆柱，上下粗细差不多。新西兰的树林根本无法通行。树林中鸟很少。可以看到很多由英国人和法国人运进来的欧洲植物，它们已开始在有力地排挤着当地的植物。
十二月二十五日这一天，达尔文是在纳希亚村过的圣诞节，次日，他同谢利万和布希贝一起，坐上一只小船，沿着卡瓦卡瓦河逆流而上，观赏美丽的风光。后来这三位旅游者访问了几个村子，观看了一个地方酋长女儿的葬礼，查看了一些石灰岩（这些石灰岩很象是一座古城堡的废墟，后来被用作坟地）之后，就于当天回到了舰上。十二月三十日，“贝格尔”号离开了群岛湾，驶向澳大利亚的悉尼。
“贝格尔”号于一八三六年一月十二日抵达澳大利亚，在悉尼海港抛了锚。由于达尔文晚上在这个城市散了步，所以感到非常高兴。在几十年中，这里真的已经兴起了一座崭新的城市，市内有许多宽大的正规街道，还有许多两三层楼高的石屋和商店。
象在任何地方一样，在这里达尔文也组织了一次到内地去的旅行。他雇了一名向导和两匹马到一个叫作巴瑟斯特的村镇去，这个村镇离城大约有一百二十海里，从前是一个大畜牧区的中心。
达尔文沿着一条非常漂亮的石子路，很快地往前走，这条