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达尔文沿着一条非常漂亮的石子路，很快地往前走，这条路是靠放逐到澳大利亚的那些苦役犯的强迫劳动修筑起来的。它周围的风景很单调，只有一个稀疏的树林（树木没有荫凉，因为树叶的侧面都是垂直地向太阳长着）和一片细弱而泛白的绿草。傍晚时分，达尔文遇到了二十来个澳大利亚的当地人，他们的样子都很善良，并向达尔文显示了惊人的投掷镖枪的技艺。澳大利亚人的文化水平和聪敏程度要比火地人稍高一些，虽然他们过的是一种漂泊不定的生活方式，他们不种地，不盖房，也不牧羊。酒类的输入，欧洲人带来的各种疾病在当地人中间的传播（其中某些病如麻疹，对他们的危害特别大）对当地人所食用的野生动物的捕杀，都使得殖民地的土著人数迅速减少。达尔文后来在《考察日记》中写道：“只要欧洲人一到那里，死亡就无不立即摧残着当地的居民”。
一月十七日，达尔文渡过尼比翁河，很快就到达了蓝山山脚，蓝山是超出海滨低地的砂岩高地。从高地往下看，下面是一片十分广阔的森林，风景非常美丽。尤其漂亮的一些地方，是从树木右边突然展现出的深达四百多米的那个大山谷，山谷的悬崖峭壁完全是笔直地挺立着。悬崖峭壁的底部的土地上长满了茂密的树木。
达尔文离开了高地，穿过芒特·维克托里亚通道，来到了一个树木更加稀少的树林和绿草更加茂密的地方后，在边区的一个养羊场停了下来。在这里他捕捉袋鼠，但没有捉到，而只是弄到了一只小家鼠；他观看了一些白鹦鹉和其他一些鸟，使他感到满意的是，他看到了一些一会儿在水面上嬉戏，一会儿又潜入水中的鸭嘴兽。
达尔文躺在一个水塘的岸边，思索着澳大利亚的动物不同于世界上其他地方的动物的那种奇怪的特性。他在由他的孙女出版的《航行日记》中，当时作了这样的记载：“一个什么宗教都不信仰的人，可能会感叹地说：在这里肯定有两种不同的创造者（着重号是我加的。——作者注）在工作；但是他们的工作对象是相同的，他们在每一场合下的目标都完全达到了。”除了澳大利亚的哺乳动物（单孔目和有袋亚纲）的动物群不同于世界上其他地方的动物群的这些区别而外，他还发现了一个例外情况：他在自己的脚下看到一个圆锥形的深坑，这是蚁狮设下的典型的陷坑，他观察了蚁狮幼虫捕捉苍蝇和蚂蚁的情况，蚁狮幼虫从陷坑的深处射出一股股沙子，迫使那些吃力地顺着沙粒流动的坑壁向外爬的昆虫滚到自己跟前并成为自己的牺牲品。不过这种陷坑要比欧洲通常的陷坑小一半，可能是供当地特有的那种蚁狮用的。达尔文进一步思考：“不信教的人现在对这种情况将说些什么呢？能否认为有两个创造者，他们每一个都发明了这种如此美观、如此简单、同时又如此精巧的装置呢？不可能这样认为。无疑，创造世界的是用一只手。也许地质学家会说出一种推测，说什么创造的时期是各不相同的，这些时期在时间上彼此距离很远，并且创造者在其工作中·有·所·间·断”（着重号是我加的。——作者注）。
这段精采的记载表明：达尔文在继续坚持思考物种起源的问题，许多事实在他的心目中开始使他不再相信圣经上关于“创造”的概念，他已经开始感觉到自己是一个不信教的人了，而对于“创造者”，他发现他们有不少滑稽可笑的地方。
一月二十日，达尔文继续前进，这一天非常闷热，从沙漠里刮来的风吹得尘土飞扬。他到达了旅行的目的地——巴瑟斯特。当时很干旱，草地变成了褐色，河流完全干涸，很多幼小的果树和葡萄树都已死去。归来路上没有什么特别的东西。
一月三十日，“贝格尔”号驶向塔斯马尼亚，于二月五日到达那里。塔斯马尼亚的当地人曾经对英国人进行过拚命的抵抗，这时已经被征服了，并被迁移到一个孤岛上，接着他们在那里就很快地死光了。
在塔斯马尼亚停留的十天中，达尔文经常出去游览，主要从事地质学的研究。他在自己的笔记中提到，他曾在这里登上了一座不高的（差不多一千米高）惠灵顿山，山上长满了茂密秀丽的植物，要穿过这些植物是极其困难的。除了高大的桉树外，这里长得非常茂密的象树一样的蕨类植物尤其使达尔文感到惊讶。
三月六日，“贝格尔”号驶抵澳大利亚最西南角的乔治王湾。在这里“贝格尔”号只停了八天，达尔文认为，在旅行期间他从来没有这样无聊过。因为这里的植物单调而贫乏，在这里任何有意义的观察都没有，这就使得达尔文不想再到附近去游玩。只有当地人举行的那种粗鲁的但却迥非寻常的“柯罗别利”舞会还使人感到有某种民族文化习俗的趣味。
达尔文在《考察日记》中结束关于澳大利亚的一章时写道：“别了，澳大利亚！你还是个小孩子，不过是一个正在迅速成长的小孩子，毫无疑问，有朝一日你将会成为南半球的伟大的女皇，在温柔和眷恋方面，你已经太伟大、太野心勃勃了，而在尊严方面，你却还不够伟大。我离开你的海岸时没有任何婉惜和悲伤”。
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①此处原文有遗漏。——译者注
象一切环礁一样，它们也是由以环形围绕着礁湖的许多低矮的岛屿构成的，环形的一方开有一个广阔的缺口，船只可以经过这个缺口进入内湾。鲜明的色彩使风景显得非常奇特：礁湖内那绿宝石般的绿水被周围一道雪白色的拍岸激浪所环绕，这与那波涛汹涌的黑色海洋形成了对比。而生长在一条条小岛上的那些整齐的椰子树则出现在蓝天的背景上。
第二天早晨“贝格尔”号停止前进，达尔文登上了一个岛，这个岛的海岸外沿一边是由一排宽大的珊瑚构成的。这里的主要植物是椰子树，居民们生活的好坏都决定于椰子树，因为他们经常把椰子和椰油出口到新加坡和毛里求斯岛。这里还有一些植物全是由海水的波涛把一些种籽或植物偶然带来而生长起来的。达尔文在这里仔细地收集了大量的蜘蛛和不少昆虫（据他计算，有十三种昆虫），一只蜥蜴，一只沙锥和一只麻鹬。到处都是各种各样的寄居虾在爬来爬去，而在树上却落着一些海鸟：管鼻鹱、热带鸟和燕鸥。
四月三日，达尔文和菲茨·罗伊访问了马来亚人的一个村子，这个村子座落在一个岛屿的一角。他们在那里观看了一种在死人墓上跳的“木勺舞”，这是在望月时举行的一种半崇拜偶象的仪式。
四月六日，他同菲茨·罗伊访问了紧靠礁湖入口处的一个岛屿，并观看了居民们是怎样坐着两只小船捕捉海龟的情况。达尔文对猛烈的海水激浪在迎风的岸边碰得粉碎的情况为之惊讶。这位年轻的博物学家当时情感上究竟是如何激动，这可以从他在日记中谈论这一印象的那些富于表情的话中看出来。现在我们把这些话全部引证如下：
“……我很难解释，为什么这些礁湖岛的外侧海岸的景象总是使我感到极其伟大。在这类似壁垒的岸边，在这绿色的灌木丛和高大的椰子树的边缘，在那大片坚实的，到处都散布着巨大碎块的死珊瑚岩上，最后还有在那从四面八方袭来的波涛汹涌的巨浪中，包含有多少纯朴之处。大洋把自己的波浪抛送到宽阔的珊瑚礁之外，好象是一个不可战胜的、强大无比的敌人似的；可是，我们看到，仍旧可以用一种方法去抵挡它，甚至去进攻它，虽然这种方法初看起来好象是软弱无力而又不中用似的。大洋并不宽恕珊瑚岩，因为这些散布在珊瑚礁上面而且堆积在这条生长着高大椰子树的海岸上的巨大碎块，清楚地表明了波流的威力。海洋从来没有过一段安静的时间。在广大的海洋表面上，永远吹拂着同一方向的风：这种微弱但却不停的信风所引起的巨大海浪，能够产生出一种十分强大的波涛，其力量几乎等于温带地区的一阵大风暴所发生的力量，而且这种波涛还是永不停息地在咆哮着，在看到这些波涛时，你会不得不相信：假定一个岛是由最坚硬的岩石构成的，譬如说是由班岩、花岗岩或者石英岩构成的，那它终究也是要被这种难以抵抗的力量所征服和毁灭的。可是这些低矮而微小的珊瑚小岛却依然站在那里，而且成为斗争中的胜利者，因为出现了另外一种对抗的力量在斗争中帮助了它们。一些有机体的力量从波涛汹涌、泡沫飞溅的波浪里，不断地分离出碳酸钙的原子来，而这种原子又逐渐地结合成为一种对称的结构。让飓风把它们撕裂成千万块碎片好了，因为如果同无数个建筑师夜以继日、成年累月所积累的劳动总合比较起来，这又有什么意义呢？我们从而看到，一个水螅虫的柔软而有粘液的身体，依靠生命规律的作用，正在战胜大洋波涛的巨大的机械力量；而这种力量，既不是人的技能，也不是自然界任何无生命的创造力所能制服得了的”。
第二天达尔文访问了西岛，这里的植物要比其它岛屿上的植物更加茂盛。这在里的干燥的陆地上，到处都可以看到一种吃食椰子的陆地椰蟹。达尔文根据当地一位居民的话，对蟹如何吃食椰子的情况作了记录。他还观察了两种蓝绿色的鱼经常咬破珊瑚并以吃珊瑚为生的情况，以及许多生活在珊瑚礁中的无脊椎动物。
在他的《航行日记》中，保留有四月十二日的笔记，他们在这一天离开了礁湖。在这一天的笔记中，有他关于珊瑚礁和环形珊瑚岛起源的著名理论的初稿。
他写道：“我很高兴我们访问了这些岛屿：这些形成物无疑是自然界最稀有的现象。这并不是一下子就能够使我们的肉眼感到惊讶的奇迹，而倒是在经过了一定的思考之后才使我们的理智为之惊讶的奇迹。
当旅行家们告诉我们某些古迹的伟大结构和庞大体积时，我们是感到惊奇的，但是那些古迹中即使是最大的古迹，如果同这里的由各种最小的动物堆积起来的物质相比的话，那它们就是微不足道的了。在这些面积广大的岛屿上，每一个原子组成部分，不管（是从哪里弄来的）是最小的微粒还是巨大的岩石碎块，都带有曾经遭受过有机物方面的力量作用的痕迹。菲茨·罗伊舰长在离海岸一海里远的地方，用七千二百英尺长的一根绳索，测量了海的深度，但没有测到底。因此，我们应当把这个岛看作是一座陡峻的高山的顶峰。至于珊瑚虫工作的结果延伸到何种深度或厚度，这是根本无法知道的。
有一种意见认为，制造岩礁的水螅虫是随着岛的基底在火山力量的作用下经过一定的时间逐渐下沉的不断向上加高自己的建筑物。如果认为这种意见是正确的话，那就可以认为，珊瑚石灰石一定有很大的厚度。
在太平洋里，我们看到一些为珊瑚礁所包围的岛屿（比如我们在这本日记中提到的塔希提岛和埃伊梅奥岛），而许多海峡和静水区把这些珊瑚礁同海岸远远隔开。各种各样的原因都可能阻碍那些最能在这种条件下发生作用的珊瑚岩的增长。因此，如果我们设想：这样的岛