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最后，“大陆的划分”（为了说明在被大洋和大海分开的地方的生物地理分布）使达尔文勃然大怒，他一向为人彬彬有礼，讲客气，可他给赖尔写了（在一八五○年六月十八日）一封措辞十分激烈的信。我把信的全文引证如下：
我的亲爱的赖尔：我想做出世界上最不光彩的行动。但是一想到您的许多门生在地质上的行为无礼，我就万分激动，有时暴跳如雷，有时心灰意冷。
时而可怜的福勃斯要建立一个新大陆（也就是使该大陆延伸）到北美，而另一个延伸到马尾藻海；时而虎克要建立一个从新西兰到南美的大陆和环绕世界直到克尔盖伦陆地；时而华拉斯登说，马德拉群岛和圣港有从前大陆的可靠而又明确的特征。乌德瓦尔德给我描述了那里的情况，又把大陆增加到大洋二百或三百海里深的地方（好象如果再往下去就什么也没有了）。为什么不使大陆延伸到太平洋和大西洋的每个岛呢？可是所有这一切都是在现代物种存在时间之内的全部情况。如果您不为这提出一个界限，如果您真的为了惩罚地质学家而给他们提出更深的地域，我想，我的亲爱的老师，您也要到那里去。您的门生已经·慢·慢·地·和·秘·密·地·超·过·了·过·去·所·有·老·的·灾·变·论·者（着重点是我加的——作者注）。您还会活到您将成为灾变论者首脑的时候。好吧，我已经很好地发泄了自己的忿怒。现在请您原谅我，亲爱的老师，而且请您相信，我永远是
您的
查·达尔文
又及：请您不要对此复信。我是为了使自己轻松愉快才写的”。
达尔文告诉虎克，他在忿怒之下给赖尔写了一封怎样的信，然后补充说：
“但是，我一定设法使自己不再成为容易发怒的人，而竭力做一个心平气和的人，并且使您象厨师做布丁这样的点心一样轻而易举地创造大陆……”
但是，他不单是用信来“消除自己的忿怒”，而且在另一封写给赖尔的长信中，语气已经平静了。详细地分析了他据以坚决反对蛮横无礼的大陆创造说的那些论点。他认为，福勃斯的大西洲，也就是被设想的在大西洋那个地方上的一个洲，“对科学起了坏作用，因为它阻止了对生物分布手段作周密的研究”。
在植物问题方面，达尔文不只同虎克一人商议，而且还同其他植物学家商议。例如，从一八五五年起，他开始同美国植物学家爱沙·葛雷通信。爱沙·葛雷出生于纽约州，他比达尔文小两岁。他父亲是一个制革匠，受的教育不多，可是，在校学习非常出色的儿子却顺利地读完了费尔菲尔德的大学，而后又在同一个地方读完了（一八三○年毕业）医务学校。由于热衷于植物学，他又在大学念完了植物学夏季讲习斑。他对植物学的酷爱得到了植物学教科书作者约·托列依的支持。一八三四年，爱沙·葛雷出版了《北美的禾本科和沙草科》一书。由于这本书，他开始同一些欧洲学者通信。他以教授身份到了欧洲，观看了欧洲的植物园和收集品，并同著名的植物学家建立了私人关系。
一八三八年，他访问了英国。值得指出的是，对推广达尔文主义有功的爱沙·葛雷是一个笃信宗教的人。在格拉斯哥，他受到当时住在那里的虎克的父亲和他的儿子亲切的接待，并研究了植物标本集。在伦敦，他结识了罗伯特·布朗、达尔文、奥温、植物学家林德雷和其他许多博物学家。他从英国到了大陆，在这里，他访问了欧洲所有著名的植物学家。他还结识了施列登，并了解了使施列登得出细胞学理论的有关细胞的一些想法。
爱沙·葛雷刚刚返回美国，就被聘为旧哈佛大学的植物学教授，他在该校讲课出了名，因为他努力钻研他所讲的课程，而且这些课程内容新颖、丰富。他很容易地成了美国植物学家这一派的首领。达尔文也同这个精力充沛的植物学家开始通信。信是达尔文主动先写的。他在第一封信里请爱沙·葛雷帮点小忙。达尔文告诉葛雷说，他从事研究生物的变异已经好几年了。他已经对动物得出了一些结论，并且作为一个非植物学家想从专家那里得知，这些结论是否可以适用于植物。此外，有关美国高山植物的材料也使达尔文感兴趣。
达尔文向来对提出这样的请求总是一再表示各种各样的歉意。
爱沙·葛雷非常乐意地答复了达尔文所提出的要求。除了写信和邮寄美国高山植物统计表外，他还把自己的新版植物学课本寄给了达尔文。达尔文当时正致力于地理分布和类型的种属关系问题的研究，他希望爱沙·葛雷在课本再版时，能在他的美国植物统计表里指出，哪些植物是当地的，哪些植物是从欧洲移植进来的，还要指出这些植物的产地在哪里。
这一时期使达尔文感兴趣的问题，当然是同物种一书的准备有关系的问题。他向爱沙·葛雷询问某一科植物的物种占美国植物区系物种的总数的比例。他感兴趣的还有各种植物区系“相近的”物种，他请葛雷为他指出这样的物种，哪怕是在旧的校样里指出也行。达尔文给他写道：“我对于一些相近的物种所下的定义是：这是一些可以认为是不同‘物种’的生物，但也可以认为是任何其他优秀的植物学家可能把它们看成亚种或变种；还可以认为它们是与任何其他物种难以区别的一些生物。”
爱沙·葛雷由于受到达尔文询问的影响，撰写和刊出了一篇《北美合众国植物区系的统计》，达尔文在收到这篇论文后，对爱沙·葛雷所作的关于大属的物种总是有着广泛的分布范围的结论非常高兴。这个结论同达尔文从分析其他植物区系所得的结论以及他的理论观点是一致的。
但是，爱沙·葛雷关于联结高山植物的那条线是通过格陵兰的论点，同达尔文的理论却相矛盾。这使他感到不安。他总是努力做到理论不脱离事实，所以北美另一个有威望的学者亚格西的过于自信，他并不赞成。他给爱沙·葛雷写道：“赖尔告诉我说，建立关于爬虫纲最初是什么时候被创造出来的理论的那位亚格西，当听到同他这一学说相反的一些审慎的观察时，兴奋地说，他还没有考虑这一点，因为‘大自然从不说谎’。我的处境也正是这样，而且要您向重复一遍：
‘大自然从不说谎’也就是说，从事理论的人永远是对的……”
后来，达尔文问葛雷，他是否认为，植物学家们在他们的植物统计表里，会不加区别地把变种列举出来，而不管它们是否存在于大属或小属里，或者他们更倾向于只是在这些情况中的某一种情况下把变种列举出来。
这几年达尔文的健康状况是不稳定的。有几次，水疗暂时使他精神振作起来，感到非常轻松。例如一八五七年，他从慕尔公园水疗机关写信谈了关于水疗的“良好的作用”。我能够象一个虔诚的基督教徒一样转圈子和进食，甚至睡眠也好起来了”。他说，水疗“能使一个人的头脑非常出色地停止活动”。
看来，与数学计算有关的著作，使他大伤脑筋。一八五八年三月，他给虎克写信道：“今晨，我的工作进展得很不好，并且感到沉闷。天哪，我是多么仇恨物种和变种啊！”有一次，他在计算变种时，同博物学家拉卜克（他同一庄园的邻居）畅谈起来，拉卜克提出了他在计算上的一个大错误。两三个星期的工作看来是不大愉快的。尽管他因此感到失望（“我是全英国最不幸的、最忧郁的、最平凡的一个动物；由于对自己的盲目和幻想感到烦恼而痛哭了一场”），但他马上又坐下来重新进行计算。他给虎克写道：“只要我没有再次审查完这些书，并且没有看到根据正确原则计算的结果，我就要坐下来，一动也不动”，可是他衷心感谢拉卜克，因为拉卜克使他避免犯错误。
坚持不懈地工作，使他的健康状况恶化了，必须再次进行治疗。一八五八年四月，他从慕尔公园写信给赖尔说，他又到这里进行两个星期的治疗，他同赖尔交谈了许多地质方面的问题，并在结尾时突然写道：“可我不想再写下去了，因为我到这里来的任务是不思考任何事情，而是多散步，多吃饭，并且还要多读小说。”
的确，他尽量利用这个时间来休息。他从慕尔公园给妻子写信道：“昨天我在林间小路那边作了一个半小时的散步，得到了充分的享受。但是，雄伟壮观的松树上新鲜的深绿树叶，老白桦树上的深棕柔荑花以及白色树干，还有落叶松的茂密柔软而清秀的绿叶，构成了一幅极美好的景色。最后，我熟睡在草地上，后来被我周围响起的一阵鸟声所惊醒，松鼠在树上爬来爬去，两只啄木鸟发出笑声，这是我曾经见过的最令人愉快的一幅乡村景色；于是我丝毫也不考虑鸟兽是怎样形成的这些问题了……”
早在一八五六年初，赖尔就建议达尔文尽可能完整地阐述自己的进化观点，因此达尔文也就马上开始写他的物种一书。但这并不是众所周知的《物种起源》。该书本来要更加详细，它的篇幅要比原来的多二、三倍。但赖尔建议在准备这部内容丰富的书时，立刻发表他的观点和概要，以便抢先取得理论上的优先权。达尔文认为这是不可能的；他的学说是由许多论点组成的，而每个论点都需要用事实来证明，忽视这些证明，在他看来是不可思议的。他不同意赖尔的意见：“我很痛恨为了取得优先权而从事写作的这种想法，当然，如果有人先于我发表了我的理论观点，我也会感到懊恼的”。
赖尔的建议使达尔文举棋不定，烦躁不安。显然，赖尔列举有利于这个初步概要的论据是很有说服力的，但是，在几乎没有任何证明的情况下写一个教条式的理论概要，这同他的信念和习惯是相矛盾的，这使他感到很不痛快。他把自己的动摇和不安告诉了一贯对他很热情的朋友虎克。他想起了父亲的话，在他所处的那种精神状态下，需要向别人征求意见。他父亲说过：“好的劝告会带来很大的好处，而坏的劝告很容易使人走上邪道”。达尔文在给虎克的信的末尾写道：“唉，如果有谁这样做（即没有证据来充实就出版一个纯理论概要），我想我会嘲笑他的，而我唯一的安慰就是在赖尔建议以前，我的确从未想到过这件事，而且看来，我经过仔细考虑以后，这是明智的（即不出版这样的概要）”。
虎克的回信使他不够满意，他把他有利于写这样的概要的论据综合成这样：“事实可以证明一切，因此……都是多余的，您的这一观点是令人不愉快的，但我希望它是一个不很正确的观点”。
最后，经过了一番痛苦的动摇，写作所需要的概要意图也遭到了失败，他只好按老计划办：即使要花费很多时间，他也要写一部有详细和充分的证据的关于物种的巨著。这部著作一直持续到一八五八年六月，赖尔认为有人会抢在达尔文的前面的这一预见应验了：航海家和动物标本搜集家华莱士，把自己的手稿恰恰寄给达尔文，这部手稿发展了这一理论……而在最近这两年，达尔文已经写完了十章，即打算要写的书的一半左右。