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色与心的关系，从上可知，可说为能缘与所缘的关系，也可说是物质与精神的关系。这本是哲学的基本问题。从古至今，由于人们对这两者的关系认识不同，因而形成了众多的哲学思想派别，可谓是众说纷纭，莫衷一是。以唯识学主观点，三界不离自心，万法皆唯识所现。在诸法当中，心（精神）是主导。 《百法明门论》将宇宙万有之法总分为五大类，即一、心法，二、心所有法，三、色法，四、心不相应行法，五、无为法。因其所包含的内容共有百项，所以总称为五位百法。五位即五类。五位的各自函义是：“一切最胜故，与此相应故，二所现影故，三位差别故，四所显示故，如是次第。”⑦这段话的简略解释是：心于一切法中最胜，由其能为主导，能统领一切法。心所有法即与此心相应，所以不离心。色法即是心及心所二者所现之影，因此不离心及心所。不相应行即是依于心、心所、色三者之分位差别而假立，所以不离心、心所、色三法。无为法即是心、心所、色、不相应行四有为法所显示，也与四有为法不一不异。心能统一切法，色法是心心所的所现影，乃是唯识宗之唯识无境，唯遮境有的理论基础。
《成唯识论》云：“识所变相，虽无量种，而能变识，类别唯三：一谓异熟，即第八识，多异熟性故。二谓思量，即第七识，恒审思量故。三谓了境，即前六识，了境粗故。及言显六，合为一种，此三皆名能变识者。”⑧三能变是变现宇宙万法包括有情界在内的根本。因此，正确理解三能变则是正确理解唯识学“三界唯心，万法唯识”这一世界观的关键。因此，这里有必要详细论述其变现过程，从中可明了色与心的关系。
先简述三能变在变现中的关系，然后重点讲第八阿赖耶识。对于三能变彼此间的关系，《成唯识论》一言以蔽之：“阿赖耶识因缘力故，自体生时，内变为种及根身，外变为器，即以所变自为所缘，行相杖之而得起故”⑨。即是说，第八识中的种子转变为主砚的根身和客观的器界等，眼耳等诸识即以此从第八识变现的实境为对象，转变而缘，于是有森罗万象的宇宙诸法形像现起。因此，第八识与前七转识的关系是，第八识为能变中的能变，而七转识连同自身只不过是从第八识中之种子的现行，是属所变中的能变。因此，八识皆为能变识。由于前五识皆不能独立生起了别的作用，需依第六意识的引发方可了别，所以将此前六识归为一类，则八识能变实为三能变了。三能变就是这样共同合作，即缘起，变现出森罗万象的宇宙诸法。因为八识中，异熟识即第八识是根本．识，因此这里重点说明此识的变现过程。
异热能变是三能变中的初能变。此异熟识是指有情果报的第八阿赖耶识。异熟有三义：一、异时而熟，二、变异而熟，三，异类而熟。此识是前世造因而成了今生异熟果报，因为有时间上的不同，所以称其为异时而熟。由前世造业因，至今生成熟，其间自有变异的过程，即因的自身变异，果方能成熟，因此称为变异而熟。异类而熟是说果异于造业的因性，即指因是善恶，果唯无记。要言之，这异熟识是由善恶业种子而使之成熟，以酬于引业的有情总报果体的真异热（指第八识）。
关于“变”，则有因能变和果能变两种。一、因能变。此变即转变之意，是说阿赖耶识中所摄藏的诸法种子能转变而现起诸法，所以也称为生变。此对于现行，称种子为因，以此立变义。因能变是指种子，种子为因，能亲生起一切诸法的现行，因即能变，所以称为因能变。二、果能变。此变即为变现之意，是说从阿赖耶识中所摄藏的种子现起八识，由缘虑的作用，于其识内变现所缘境，并以之为对象，所以也称其为缘变。因为果即能变，所以称为果能变。虽然八识皆通称能变，但是果能变是不同于因能变的。果能变已是在因能变的前提下，不过是能缘识与所缘境相望，诸识对各自所缘境生起了别，即有能变义，从其总体来说已属所变。而真正能变的大前提即是因能变，唯在第八识。这就是上文提到的，第八识为能变中的能变，七转识为所变中的能变。
阿赖耶识所收藏的诸法种子当中，有本有种子和新熏种子的两种。所谓本有种子，是指无始以来，于此识中具有法尔生一切诸法的差别功能。这如《戍唯识论》云： “一切种子皆本性有，不从熏生，由熏习力但可增长。”⑩所谓新熏种子，是指无始以来，由观行的势力，留贮在此识中而具有生果的作用。如《成唯识论》引契经云：“诸有情心，染净诸法熏习故，无量种子之所积集。”⑿唯识学依种子的功能，把它分为名言种子和业种子两种。所谓名言种子，是指由名言所熏习而成的种子。指前七转识缘各自境而熏成的种子，是由名言所熏成。它们所缘的境界，即是日常分别向过去、未来、现在、内外等一切诸法，起感觉、照了、思虑分别及爱注执著等作用，结果将此过程的气分（习气），熏附在第八识中。成为一种潜势力，成为未来即新异熟识变现宇宙万有诸法。所谓业种子，指第六识及其相应心所，依身口意三业造作善恶所熏成的依附于第八识中的种子。其势力强胜，是变现依、正二报即宇宙万法和有情自体的根本动力。
名言种子的性质，不是善和恶，而是无记。因而它的力量劣弱，没有独立的力用去变现宇宙诸法，必须借强胜善恶业种的力用为助缘，方能够变现。换言之，就是业种能够感动名言种去变现与造业的种类程度相应，即等流的宇宙万有。象这样，过去第八识所含藏的业种子，感生现在的异熟果，变为现在前七转识的现行。现在前七转识的现行，又熏附于第八阿赖耶识中作为种子，复作未来变现做新异熟果现行的准备。此正如论所云：“诸法於识藏，识於法亦尔，更互为果性，亦常为因性。”⑿这种由阿赖耶识所藏之种子，生起杂染诸法的现行，即是阿赖耶识为杂染诸法的因；在同一时间，杂染诸法的现行又熏成种子藏于阿赖耶识中，则杂染诸法又成为阿赖耶识的因了。这种关系，被称之为种子生观行，现行熏种子。乃是唯识学从本识与转识互为因果而安立的正“因缘”理。如《摄大乘论》说：“阿赖耶识与彼杂染诸法同时更互为因。云何可见？譬如明灯，焰柱生烧同时更互，又如芦束互相依持同时不倒。应观此中更互为因道理功；尔。如阿赖耶识为杂染诸法因，杂染诸法亦为阿赖耶识因。唯就如是安立因缘，所余因缘不可得故。”⒀
所谓种子，是指阿赖耶识中有亲生色心诸法自果的功能作用。阿赖耶识执持此种子令不失坏，遇缘即从各自种子生各自之果。这种从种子的潜势态到显势态便是现行。
综合上述可知，人们通常认为，外部物质世界是不依赖于人们的主观意识（精神）而独立存在的客观实在。这种观点与唯识观点是从原则上根本对立的。以唯识学观点，所谓不依赖主观世界（精神）的物质世界是根本不存在的。物质世界，乃至包括有情界在内，皆是酬于先世的业力的产物，是藉八识（精神）为中介的业种再现。
明白了阿赖耶识，不仅明白了外部物质世界与我们的精神关系，而且也明白了我们有情的生死缘由。正如偈颂所云，阿赖耶识是：“无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，及涅槃证得。”⒁此颂前两句说明了阿赖耶识的因缘作用，后两句说明了流转、还灭依持的功用。“界”是因义，即种子识（第八识的异名），无始时来，展转相续，亲生诸法，一切现行诸法以之作为平等依止，由此八识，执持一切顺流转法，令一切有情流转生死，一切烦恼业生，皆由此识与流转作依持用。也由此识，能执持一切顺还灭法，即归还寂灭之理，令修行者证得涅槃。
以唯识学之观点，我们所依存的物质世界，除是自己别业所感现之外，同时还是此界有情的共业所感。因此，这个大宇宙世界即是此界有倩共有的，又是每个有情所不共有的。这种关系如同一室干灯喻：总灯光是共相，这当中又有各自的灯光为别相。总灯光融汇了干盏灯光，千盏灯光汇合成了总灯光。现实有情所感现的宇宙世界之理也是如此。如《成唯识论》说：“所言处者，谓异熟识，由共相种成熟力故，变似色等器世间相，即外大种及所造色，虽诸有情所变各别，而相相似，处所无异，如众灯明，各遍似一。”⒂因此，当一个人一期业报尽时，他将由此一生所造之业决定趣生相应的趣道，即趣入下一个新的异熟识，而他在此世时的一分世界即器报也随之消失，余下的乃是此界业力来报尽的有情的世界。这就如同是一蛊灯光的熄灭并不影响其它灯光的道理一样。因而，此世界仍然相续坚住。
其次，依唯识思想可知，现实宇宙万有之所以从古至今乃至尽未来际都存在着，这是因为除此界有情余报未尽而摄持此界的存在外，同时仍还有更多相续不断的同业有情从它趣感生到此界来，成为做此界之相续存在的补充，因而此界能相续存在（例如，据世界人口生死普查统计表明，在世界人口范围内，每一秒钟就有千万人去世，同时又有千万人的生命诞生，这可算是一个例证）。如此，一批批有情在此界报尽时，随业趣入它趣（或还趣此界），同时又有一批批它趣有情报尽时，以同业感生此界。如《唯识三十颂》云：“由诸业习气俱，二趣习气俱，前异熟已尽，复生佘异热。”由于众生无尽，生死流转的不断循环往复，因而诸趣界皆如此界一样，就都不会从根本上消灭而会相续存在了。三界唯心，万法唯识之理，由此也可见一班。复次，此界由于是有情的共业和别业所感现，前一期有情共（别）业与后一批有情的共（别）业的不同及不断的交替，因而前一期有情的根身器界与后一期有情的根身器报等诸方面皆是不尽相同的。诸如各自的境遇及寿命不同，所处的社会形态、国土的优劣和社会环境的染净，气候条件乃至沧海桑田的变化等等诸方面皆是不相同的。但以唯识观来看，其皆为有情业报即业种子现行的具体内容和表现。如果说其是外在事物自身的变化，也仅仅是相对的随顺世法而言罢了。正如《唯识三十颂》所说：“由假说我法，有种种相转。”但归根结底还是“彼依识所变”。现代科学，无论是利用天文望远镜或宇宙飞船对宏观宇宙进行探测，还是利用先进的精密仪器对微观世界的分析，乃至进行科学实验等等，以唯识学看来，无非是对自己的“既以所变为自所缘”范围内的活动。其获得的真理也只能是相对真理即世俗谛而已。这里并不否认科学所取得的伟大成就，只是从认识角度来