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中存在的问题为例，比如针对奇经八脉按时取穴，八脉交会穴对应八卦有多种看法，如果根据《奇经八脉考》的认识，将有另一种对应，这样又产生一种新针法。仅仅八个穴，可以有多种不同的选穴方法，并有同一时刻同选一穴的情况，它们的适应症和疗效都如何？是不是有理论的针法就正确？其是否符合生命活动规律？这都是疑问。
关于子午流注针法的研究，现代科学还未提出真正可行的解释。虽然有人认为有着惊人的相似，但依旧只是一种现象上简单的吻合，不能很好的说明其原因机理。现代物理科学在继续发展，也许此二者可以同时成为科学史上的伟大发现。其研究内容涉及脏象和生理、病理等内容以及经络的研究、防治疾病的机理，人体脏腑功能及其衰老原因，中西医观点的区别与联系，人体生命活动的研究，经络形态的研究，生命科学与宇宙科学的联系等。其将可能影响现代科学研究的进展。
参考文献：
1 《针灸医籍选》科学技术出版社p114 《子午流注针经》上海中医学院出版社1986年7月版p27 《时辰开穴全书》孙吉山 上海远东出版社 1997年11月版p9
2 《灵枢经》人民卫生出版社1963年版 1、P201；2、P39；3、P131；4、P39；5、P52
3 《黄帝内经素问》人民卫生出版社1963年版 1、P164 2、P169 3、P234 4、P159 5、P141 6、P361 7、P65
4 《针灸大全》徐凤 人民卫生出版社1987年4月版 1、P130 2、P78
5 《河洛精蕴》江慎修 学苑出版社 孙国中点校 1995年10月版 1、P331 2、P328
6 《医宗金鉴》吴谦等 人民卫生出版社1963年10月版 P915
7 《古今时间医学》刘炳权 苏祥 广东科技出版社1990年12月版 1、P173 2、P145 3、P171
8 《针灸治疗学》上海科学技术出版社1985年5月版
9 《子午流注针经》上海中医学院出版1986年7月版
10 《时辰开穴全书》孙吉山 上海远东出版社1997年11月版 1、P160 2、P117 3、P149 4、P192 5、P217 6、P226 7、P201 8、P207 9、P214 10、P230 11、P233 12、P264
11 《针灸大成》杨继洲 天津技术出版社1995年1月版 P234
12 《子午流注、灵龟飞腾八法大全》漆浩 董晔 中国医药科技出版社1993年5月版 1、P214 2、P168 3、P222 …P224
图注：
子午流注针法是揭示反应人体生命活动诸多规律中的一种，是以人体气机开阖生化规律为指导，以一时辰为最小标志单位，根据这一规律，用于指导取穴治疗，对人体气机进行主动调整，影响人的生理条件，控制个人生理熵值，使人的形体与气血恢复到一定的状态，从而达到调和气血形体，祛疾防病，强体延年目的的一种理论。