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但是，从此这个疑团就占据了达尔文的心：“地球上新的生物第一次出现到底是什么样子？”各位读者，许多伟大科学家之成长，常常起于最初的那一段自我一问。伽利略见自由落体，一问而研究出落体规律；牛顿见频果落地，一问而终悟出万有引力；哥白尼见托勒玫体系的繁琐，一问而生成出自己的日心说；开普勒见火星轨道与观察纪录的八分误差，一问而导致发现行星运行定律。一个人质量的养成，要学会坚内而拒外，防微而杜渐，出污泥而不染，相反一个人学问的做成，则要虚怀而多求，见缝插针，追蛛丝马迹而不舍。当他遇到可疑的东西时那一扪心自问，正是已将钥匙插入了锁孔，只待一拧，再一推门，一座神秘王国就豁然展现在眼前。这达尔文自从心里暗暗起了对上帝的怀疑，在以后的考察中就处处留心，时时在意了。
又过了三年，1835年9月，达尔文随贝格尔舰来到加帕戈斯群岛。这个岛位于太平洋东部离南美洲西海岸五、六百英里，它的历史不长，是几千年前由于海底火山喷发从海水里钻出来的一块小陆地。当达尔文和科文顿背着猎枪和标本袋上岸后，他们立即感觉到这支枪实在多余，岛上的所有动物并不怕人类。这主仆二人在岛上悠闲自得随意散步，而那些鸟兽或嬉戏于前，或不舍于后，好不快乐。突然他们看到许多大龟排成长队，足有几里长，浩浩荡荡向前着，而每只海龟少说也有一百多公斤。原来这个岛上缺水，它门是前往水源地喝水的。看他们那个样子，一会儿探出头来望望前面，离泉水还远着呢，又缩回脖子，一步一寸，不慌不忙地往前挪。达尔文看得好笑便跳上龟背，这龟就如背上落了一片树叶一样，毫无负重之感还是四平八稳地前进。泉水到了，龟们不顾一切地将头栽到水里，一连喝几十口水才喘一下气。原来他们这样喝一次就可以忍受好多天乾渴，那水都保存在心包里和膀胱里。难怪当地居民遇到缺水就杀这种大龟取水呢。同样是龟，为什么这个岛上的龟就有这种特殊本领呢？难道这是上帝专门为这里专造的新种吗？可是这个倒不过才几年啊。这以前上帝不是早就将所有的物种都造好了吗？
达尔文经过仔细观察，发现岛上的物种与南美洲属同一类型。但是由于这里气候奇特，它们又很不同。它收集了岛上的生物标本，26种陆栖鸟类中，有25种是岛上特有的；15种海栖鱼类，全部是新种；25种甲虫中，只有两三种是南美也有的；185种显花植物，其中新种就有100种。看来这些新物种并不是上帝创造的，是这里特殊的气候，特殊的环境造成的，物种是可以改变的，是受自然选择的！
1836年10月20日，经过五年的海上漂泊，达尔文回到英国。这五年饱览了自然风光，过了大西洋、太平洋、印度洋三个海洋；看到热带森林中枝叶如盖、藤蔓如麻的郁茂风光；他看到地震后海中会升起一片小岛的奇景，看到了火山喷发，岩浆从天而降的奇景；他看到了如碧玉泻流的冰川，看到了如人工工艺品一样的珊瑚岛。但是更重要的，他在这各种奇景迭现的地方发现了在伦敦根本不可能发现的物种。他自己登岸不久，那些标本箱打着美洲、欧洲各城市的邮戳，也源源不断地寄到了伦敦。他五年前出门之时还是抱着对上帝的无限信仰和对自然的好奇，想去搜集一些标本。五年后他再返回国门时，已将上帝甩在脑后，而开始思索这一系列风光和标本内在的联系规律。
1839年他与自己的表姊爱玛结婚。达尔文的腑内已经是一座富矿，——那是五年环球生活中一点一滴形成的，现在他就要坐下来一点一点开采了。他将资料整理，出版了《考察日记》、《贝格尔舰航行期内的动物志》五卷、《贝格尔舰航行中的地质学》三卷。他知道自己虽收集了许多材料但专业知识还是不够。他继续和他崇拜的地质学家赖尔联系，又找到植物学家霍克合作。赖尔比他大12岁，霍克比他小8岁，但是他们却结成了一个真正的“忘年联盟”，这个联盟后来还有比达尔文小16岁的赫胥黎加入，组成了一个进化论向旧势力开战的坚强堡垒。
有了材料，有了战友，现在达尔文要做最后的冲刺了。为躲避过多的社交活动，达尔文在伦敦郊外15英里的地方买了一所房子，这就是唐恩村那座他一直住到逝世的有名住宅。
现在一反过去那种不规律的生活，他为自己安排了一套极严格的时间表。上午八时到十一时半工作，下午一时到四时工作，然后又从五时半工作到七时半，中间是散步或听爱玛朗诵小说，晚饭后听爱玛弹琴或两人下棋，十时睡觉。他说：“我的生活过得像钟表一样规律，当我生命告终的时候，我就会停在一个地方不动了。”
能迎风搏浪，到大自然中去探索，又能潜心静性，埋头在书房里研究，这实在是大学问家的风度。但是这个环境的造成，首先得感谢爱玛。达尔文共有五个男孩，两个女儿，不用说家里就如同幼稚园一般。但是爱玛规定孩子们谁都不许进父亲的书房，而且经过书房门口要像猫走路那样不能发出一点声响。达尔文本是一个极爱孩子的人，他控制自己的感情，在一天的三段工作时间里一定闭门不出，只有在吃饭时或休息时才和孩子们游戏。他每天这样或埋在书籍笔记里查找资料，或伏案疾书，每当撕下一张稿纸，听见那“嚓”的一声，便感到极大的安慰。由于五年的海上生活或许还有遗传的原因，现在他的身体很不好，头晕，失眠，呕吐，有时一天也写不了几页。但精神一好就赶快工作。那潦草的初稿丛书房里一页一页地递出来，爱玛就伏在会客室的那张大写字台上为他誊清。
这天达尔文正这样拼命写作，忽然听见几下低低的敲门声，不像是外面来的客人，因为如果赖尔或霍克他们到了，爱玛一定会先招待的。他捶了捶发酸的后背起身去开门，门缝里显出一个瘦小的身影，原来是四岁的小儿子弗朗西斯。只见他怯生生地伸出一只又黑又脏的手，手里有四个便士，鼓着腮帮子也不说话。孩子来书房是犯禁的，但达尔文一见儿子这样子也就心软了，而且“执法官”爱玛也正好不在跟前。父亲弯下腰问到：
“小弗朗西斯，你上门来有什么大事吗？”
“我每天早晨一醒来就不见爸爸，所以就想来看看您。”
一股父子柔情突然袭上达尔文心头，他探身摸摸儿子红红的脸蛋，又捏着他的小手说：“那你拿这四个便士干什么呢？”弗朗西斯小声地说：
“我怕爸爸不让我进来，就向姊姊要了……。”
可爱的儿子原来是要用这四个便士买爸爸的一点时间啊。达尔文禁不住热泪夺眶而出，他一把抱起儿子，在他小脸上狂吻着，泪水滴在儿子脸色上，又被他的胡子擦成一片。他觉得自己的内心受到深深的一击，好像被打穿了一个洞那样疼。他自语着：“我真不够做个父亲，我对不起你们啊！孩子，走，今天爸爸不写了，这一天的时间全是你的，我们到花园去捉蝴蝶，挖蚯蚓去。”
他抱着孩子走出房门。弗朗西斯难得有个撒娇的机会，他紧搂着父亲的肩膀不肯下身，小嘴紧紧地吸在父亲的脸上。当走过窗下时达尔文看见爱玛正在那里抹眼泪，她已经看到这幕戏，达尔文不觉一怔，随即快活喊道：“爱玛，叫上我们所有的孩子到花园里去。我宣布今天放假！”
1858年闷热的夏季笼罩了唐恩村。夜深了，达尔文从登下抬起头来，身伸抽出一支雪茄，点燃，思绪和着缕缕轻烟在这间书房游荡。他翻开刚写完的《物种起源》第十章，用手抚摸着刚刚渗入纸里的墨迹。这每一个字就是一滴汗，甚至有时还要咬一下牙。他的身体越来越糟，经常彻夜不能入眠，那种要向上帝宣战的冲动，在他的心里时时泛起，扰得他每一根神经都不能有一会儿的安闲。这部稿子是在1842年动手的，最初只写了35页提纲，后来又扩充到231页，到1856年赖尔建议他赶快成书，不然必定有人抢先。但是他知道这个问题实在和哥白尼反抗托勒玫一样，虽不至于会被教会烧死，但那反对浪潮也足以把他淹没了，所以再三核对材料，寻找根据，又将那231页的稿子压缩了一半。这样反覆提炼，再三推敲，现在总算有了个样子，不久就能送去出版。赖尔，霍克早就等得不耐烦了。
这时门打开了，后面响起轻轻的脚步，一会儿，一双温柔的手搭上他的双肩，这是爱玛。他抬起头，爱玛以手背触着他消瘦的双颊说：“你实在是拼命啊。”
“我知道自己是在拼命。工作已使我的疲倦超过一般的程度，但我无其他的是好做，只要进化论能成立，我想我的精力无论是早一年耗尽，还是晚一年耗尽，这都是无关紧要的。”
“不要这样说，查理。现在这本书眼看就要完成，你应该减缓一下自己的疲劳。我来给你取一杯葡萄酒来。”
酒捧过来了，达尔文没有接酒却轻轻握住妻子的手，扶她坐下，他眼中已饱含泪水。“爱玛，你真是世界上最好的妻子！你的价值比等于你体重的黄金还宝贵多少倍。世人将来可能知道达尔文，但不知有个爱玛。但是，假如没有你，我就没有这许多聪明、愉快和勇气，没有人来听取我疾病的诉苦，我会在冗长的岁月内成为一个孤单的悲惨的病夫，也根本不会有这本书。”
“不，世人没有必要知道我。查理，你和你的事业是一片大海，我是一滴水；不只我，还有你的许多朋友，我们都甘心溶进这片蔚蓝色的海中。”
“但是你，还有孩子们都受苦了，这都是为了我才淹到这个苦海里。”
“可是最苦的还是你，我只恨自己不才，不能替你承担一个题目或几页稿纸。”
这时达尔文的眼泪怎么也忍不住了，他不愿让爱玛看见，赶快掩饰地端起酒杯，一仰脖子，连泪带酒咽进肚里。爱玛也激动不已，她拿起书上的桌稿，轻轻地摸着，这些全是她誊写过的，有她的心血，有她的汗水，禁不住眼眶也热了。两人隔灯对坐，许久无言。月光透过纱窗，一片幽静。爱玛又斟上一杯酒，达尔文不去接酒，却拔笔在纸上写上一首小诗。那首诗当然是洋文，容笔者将他翻成方块汉字，大意如下：
葡萄美酒心中泪，月明如镜夜如水。
相对无言言难尽，莫问苦甜醉一杯。
这晚他们因书稿将成，苦中见甜，喝了一点酒，又说了�