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小说将人物活动与时代变迁紧密安排在一起，社会运动转化为人的具体行动，因而使文学没有抽象为社会学，而是形象化为人学，使小说不是充斥了说教与析理，而是闪烁着人情人性的光辉。如西韦尔加入义军前与女友告别、女友终于也伴他站进队伍一幕，及后来女友倒在血染大旗上一幕，充分说明左拉决不只是一个冷静的思想家，而更是一个善于发掘生活中激动人心的因素、能够感染人的美学大师。
西韦尔的命运贯串始终。从他充满热情、充满幻想地加入反抗义军到成为帝政、共和斗争的牺牲品，一个人的命运反映了一段历史的转折。卢贡家的发迹也是贯串始终。作家在情节安排上颇具匠心。从卢贡·马加尔一家人“乘机活动”、欧仁去巴黎投机、替父谋求官职，到老卢贡获得大绶勋带、卢贡一族永远亨通，一个家族的命运也是一段历史的缩影。
左拉甚至一点也不忽视细节安排。阿里斯第德的几次系上绷带又取下令人好笑，而这又生动地反映了当时人们惶惶不安、不知所描的心理，和一些人在动乱之际审时度势的投机心理。
钻研生理学和遗传学的二儿子巴斯加是作者着意安排的一个代言人。这个处于五代之中层 （第三代）的人物，前瞻后顾，一目了然，最终成了家族史的总结者。他作为最后一部家族史小说中的主人公，将整个家族史小说连为一体。
《巴斯加医师》中的巴斯加这时已近六旬了。三十年前，他从巴黎学医归来，一面行医，一面从事遗传学的研究。大量的临床经验使他觉得，生命是人类幸福的希望所在，而遗传学则可指出创造健康、美好的生命的途径，因此只要掌握了遗传的秘密，就可使人免受疾病之害，并且使人心理正常，行为正常，从而使人类充满生机和活力。为了论证这一理论，他以卢贡·马加尔家族为例，搜集、整理了有关这个家族各个成员的资料，建立分类档案，并绘制了一张世系图，注明其简单生平，遗传情况，对各代之间遗传关系进行研究。
老人终身未婚，将毕生精力投入了科研，身边只要侄女克洛蒂德及女拥玛尔蒂娜为伴。克洛蒂德是萨加尔的女儿，七岁时便失去了母亲，父亲续弦后将他托给巴斯加养育。十余年来，她从伯父那里学到许多知识，对伯父的才华，勇气和献身精神充满了敬意。女佣玛尔蒂娜则是一个虔诚的宗教徒，受她影响，克洛蒂德又对上帝充满热情，对彼岸世界怀有美好憧憬。
巴斯加的遗传研究使他的老母亲菲力西特夫人坐卧不宁。她在第二帝国时期曾以两个著名沙龙吸引了各路名流，使卢贡·马加尔家族显赫一时。1870年，第二帝国覆灭，她也成了落毛凤凰，但她们攫取的巨大钱财仍使小城居民对她肃然起敬，第三共和国的官员也不敢轻视她。她经历了家族的兴衰，留恋过去的光荣与华贵，梦想恢复昔日的天堂，希望后人能以家族为荣为幸，力求光宗耀祖。所以她害怕巴斯加的家族成员档案传诸于世，泄露家丑，败坏家声，于是处心积虑要毁掉这些资料。她诱导克洛蒂德和玛尔蒂德说。巴斯加收集的那些资料是得不到上帝饶恕的，要想让巴斯加死后能进入天堂，必须毁掉那些有辱家族的名誉的东西。克洛蒂德和女佣深为爱戴巴斯加，虔信上帝，为了振救敬爱的人，她们与菲利西特夫人达成了默契。
一天晚上，克洛蒂德偷走了资料柜的钥匙。巴斯加很快发现了。他觉得应当让侄女自己去鉴别真伪、善恶与美丑。他让她看了所有资料，告诉她卢贡·马加尔家族历经五代，成员遍布社会各阶层，有政界要人，有金融巨头，有僧侣，有强盗，有农夫，有妓女……整个家族就是第二帝国时期法国社会的缩影。而她研究的目的，就是为了发现遗传与品行、气质的关系以趋利避害。他告诉侄女，由于祖先的过失，这个家族正在走向衰亡，除非注进新鲜血液，否则就会一败涂地。巴斯加医师满以为这些话会使克洛蒂德恍然大悟，理解他的苦心，而向他真心认错。可克洛蒂德却为家族的丑恶而瑟瑟发抖。她对上帝的信仰为真理的力量所摧，茫然不知所措。她始终什么也不能说。
冬天到了，巴斯加由于伤心，加上劳累，大病了一场。侄女朝夕相伴，精心照顾他，一天，他偶然听到自己的学生拉蒙医生在向侄女求婚。这时，他才痛感老而无伴的悲凉，猛然意识到侄女在自己生活中不可缺少的地位，不得不承认心底掩藏的爱情。但他觉得这是一种罪恶，是不顾侄女的幸福，于是劝侄女答应拉豪医生。克洛蒂德钦佩伯父直面人生的勇气和拯救人类的雄心，终于发现真正的上帝是人类自己，是真理。
她更加爱戴巴斯加，感到没有他，生活就没有幸福，没有希望。因此她告诉伯父，她爱的就是他。他们幸福地结合了。
正在这时，公证人卷款潜逃。巴斯加忍痛送走了妻子，自己继续研究。清苦生活加上繁重工作使他病倒了。公证人即将还款和妻子怀孕的消息使他振奋，打算接回妻子，可他已是奄奄一息了。他在家族世系表上，克洛蒂德的名字旁边写道：“将于1874年生下她的伯父巴斯加的儿子。”又在自己的名字旁写道：“因心脏病死于1873年11月7日。”
而后呼唤着妻子名字离开了人世。
克洛蒂德闻讯赶来，悲痛欲绝，守在巴斯加旁边睡过去了。突然，她被一阵呼呼作响的声音弄醒，原来是菲力西特夫人将资料扔进了壁炉。老夫人得意洋洋地说，她终于除去了多年心病，“卢贡家族胜利了。”她走后，克洛蒂德忽然发现，家族世系表还完整无缺地摊在写字台上，由于老夫人的疏忽，这份珍贵资料才得以幸存。
次年五月，克洛蒂德生下了巴斯加医师的遗腹子。这是卢贡·马加尔家族断代史中最后一个孩子，是克洛蒂德的全部希望，也是这个家族的希望。
这部小说有两部分内容，一部分是巴斯加医师对整个家族史小说的总结，也是代左拉阐述了关于遗传规律的见解和遗传与社会发展之内在关系的见解。在这里，可以明显看出左拉对社会发展的关注和其创作深意所在。他通过巴斯加说明，他试图通过遗传规律的探讨，弄明白种族的遗传因素随不同环境而在各成员身上发生了怎样的不同影响，然后进一步发现哪些遗传因素可以导致善行美德而哪些因素趋于腐化堕落，从而怎样运用遗传规律来改变种族遗传，优化人种。他认为，只要从其他种族中给一个种族输进新鲜的、优质的血统，这个家族就可重新振兴，推而广之，人类也可通过这种方法得以复兴。这种想法当然是幼稚的，但在当时，又是难能可贵的。科学家、思想家们以不同方式关注着人和人类，从种种角度对人类前途、社会进程、发展手段与方式提出设想，这本身就是一种进步，一种意义。它不一定能立刻、具体导向一个结论，但所有这些创造性的思维总体上是导向真理的。左拉在小说中演绎自然科学知识，与有些小说在人物命运中展示社会规律一样是合理的。
小说的另一部分内容是巴斯加的一生，主要是他与侄女的爱情。在他们的爱情纠葛中，巴斯加的研究工作是一种推动情节发展的外在矛盾力量，是它使得巴斯加长期单身而与侄女相依为命，是事业使他压制了情感同时也是事业使他赢得侄女的爱，又是事业使得菲利西特夫人来干涉他、来诱骗他的侄女，使他俩都陷于痛苦，经过一番磨难才终成眷属。这是一段有血有肉的内容，不管作者本人意图如何，前一部分内容更象骨架。虽然这个预设的框架将二十部家族史小说连为了一体，但具体看每一部小说，都是独立成篇的，完整地展示了一个或几个人物起伏跌宕、成败荣辱、悲欢离合的生命历程。
《萌芽》是法国文学史上，也是世界文学史上第一部详尽地正面反映工人斗争全过程的作品，是一部特别具有政治意义的工人小说，是作者在受到社会主义思潮影响，受到工人罢工 （主要是奥班与拉里卡玛里地区的矿工罢工）的触发，而在家族史小说中着意加进的一部社会主义小说。作品主人公艾蒂安·朗第耶是《小酒店》中维尔维丝与朗第耶的次子，成年后在里尔的铁路工厂里当机器匠，因打了工头几耳光而失业，流浪到蒙苏煤矿，当了一名推车工。他受到老矿工马赫一家的友善照顾，并与马赫的大女儿卡特琳结下深厚情谊。由于他懂文化，肯干能干，作风正派，在工人中很在威望。这时，他与国际工人协会的活动家普鲁沙有了书信联系，研读了一些社会主义书刊，形成了革命思想。在矿工们对劳动条件与报酬强烈不满的情况下，他组织建立了矿工互助基金会并发动了一次罢工。煤矿经理不答应增加工资，使罢工规模更大。艾蒂安请普鲁沙来演讲，并使蒙苏矿工都成会“国际”会员，得到经济支援。
只是由于援助不足，工人们财尽粮绝，加上资本家挑拨分化，部分工人在邻近的设备较好的让—巴特矿区复了工。其他矿工忿怒地来此砸毁了机器设备，惩罚了妥协分子，不顾饥饿，坚不屈服。结果煤矿公司招来了新工人，由军警保护着恢复了生产，当罢工群众前往制止时，军队开枪镇压，工人死伤数十人，被捕若干。老工人马赫惨死，艾蒂安幸免于难。此后，煤矿工人迫于暴力与饥饿回到了矿井，罢工完全失败。艾蒂安也跟着卡特琳下了井。无政府主义者苏瓦林出于疯狂的破坏欲，故意损坏了矿井坑道的防水装置，导致坑道被淹，许多矿工惨死。艾蒂安·卡特琳及卡特琳的男人、工贼沙瓦尔都被困地下，艾蒂安与沙瓦尔进行殊死搏斗，杀死了这个卑鄙暴虐的人。十来天后，他们被救了出去，但卡特琳已死在他怀中，他则变得满头白发。公司解雇了他，普鲁沙请他去巴黎，他就此踏上了新路。
左拉的这部小说，首次使得马克思、恩格斯所领导的“国际工人联合会”的革命活动在文学中被加以正面表现。这是当时最先进的主题。
作品以艾蒂安的成长反映了无产阶级由自在到自为的过程，而普鲁沙的出现则代表了“国际”组织、共运思想与工人阶级的真正结合，使得这一过程有了动力和指南。“国际”对蒙苏矿区的经济支援和罢工工人的加入第一国际充分体现了这一结合，大大加强了小说的社会政治意义。
艾蒂安作为接受了先进思想的优秀工人代表，从生活作风、劳动技能、工作态度、影响力和号召力等各方面都是高出一般工人的；与此对比，作者设计了无政府主义者苏瓦林这一形象，他代表一种盲目的、缺乏理智、违反一般人性的路线。这个巴枯宁主义的信徒只知破坏，不择手段，不顾后果，仇视一切，结果带来的只是工人阶级更大的损失。这个人物的出现反映了当时法国社会思想状况的复杂，扩充了作品的反映生活的厚度。
作品的可贵之处还在于，作家以自然主义大师特有的精致、细腻的笔调，描写了工人日常生活的方方面面，展现了那些触目惊心的悲惨现实：男女混居，连洗澡也无法互相回避；经常挨饿，如去赊物，则�