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显然在这地球上曾经有过一连串生物接替（succession）的现象。这过程包括生物逐渐改变，才接近现代动物。其中特别是脊椎动物，有些越来越似人类。但这种关系并非不同时代的动物直系相传而来。其中完全没有亲子的关系串联。古生代（Paleozoic
Age）的鱼类绝非中生代（Secondary
Age）爬虫的祖先。人类也不是第三代（TertiaryAge）哺乳动物的后代。这些动物之间的关系有非物质性、更高的关联，这种关联需要从创造者的观点来了解……他的目的……是要将人类带到地球上来。
阿加西斯的神学见解并不比古尔德的观点对我们实验科学的问题更切题，但我们可以放下神学的讨论，单独研究他纯科学的结论。阿加西斯在实验科学上的结论指出，无论什么力量使脊椎动物好象有逐步进展的现象，但化石记录所显示的并非同一祖先遗传改变可以解释。
最后我们要提及古尔德的第三项证据，就是以前讨论过的化石证据，古尔德承认，在化石记录中极少逐步转变的例证，其中一个是“类似哺乳动物的爬虫”（mammal…like
reptile）。正如其名，似乎是爬虫到人类之间转变的中间型。另外一个是“类人类”（hominids）或者叫“猿人”（ape…men）。这些例证已被科学界主流接受为现代人类真正的祖先。下一章要讨论的正是这些化石的证据。
第六章 脊椎动物的进化序列第六章 脊椎动物的进化序列
达尔文主义者认为，两栖类和现代鱼类源出于一种上古的鱼；爬虫出自两栖动物的祖先；飞鸟和哺乳动物分别从爬虫祖先进化而来。最后，他们指出，人与猩猩都是源出于一个相同的猿类祖宗，而且这些猿人的过渡化石已被发掘出来。根据古尔德所言，从爬虫到哺乳动物，和从猿至人之间的过渡化石，已确实证明了进化的事实。
在未分析这些证据之前，我需要加上一些条件，这些条件一定使达尔文主义者很不好受，就是这些证据不能根据〃假定学说真实〃的大前提来衡量，应从一个独立的立场来考究。
第四章中，我们已指出古生物学奉达尔文主义为金科玉律，不再怀疑它的真实性，只求在这理论的〃骨骼〃上加上〃肌肉〃而已。古生物学家的成就，乃是在于进化祖先的鉴定，因此他们已经建立鉴定进化祖先的标准。美国自然历史博物馆古生物学家加勒特·纳尔逊，直截了当地形容他们的治学态度：
我们必定有一些祖先，我们要找出来。为什么呢？因为我们知道，早晚一定会找出来的。这就是古生物学的作风，我并非夸大其词。
当然，这些〃祖先〃不能用来证实这套理论，因为学者乃是根据〃一定有祖先〃的理论，来鉴定祖先。
让我们来看看脊椎动物的进化次序。
鱼纲至两栖类
我们要考证的理论，就是鱼纲进化到一个地步，使它爬出水面，登上陆地，而且同时发展两栖纲的生殖功能和其他特征，达尔文主义者并没有指出一种特别的鱼纲为两栖纲的祖先，但是他们都以一类绝种的扇鳍目（rhipidistians）为祖先类属，这些化石有与早期两栖动物相似的骨骼，如一些可能进化为腿的小骨，但是，据《脊椎动物历史》（Vertebrate
History）的作者巴尔巴拉·施塔尔说：〃在已知的一切鱼纲中，我们找不到最早的陆地脊椎动物的祖先，因为这些鱼纲都是在最早的两栖纲出现之后才生存的，在这些鱼纲之先的化石都没有发展早期四足动物特有的强壮四肢和肋骨的证据。〃
1938年，印度的渔夫捕获一种腔棘鱼（colelacanth），鉴定为7000万年前绝种的样本。很多古生物学家都认为这种鱼与上述的扇鳍目有密切关系，因此这活生生的样本应在研究早期两栖动物的进化上占重要的地位。但是根据腔棘鱼的解剖研究，它的内脏并无任何适应陆地生活的征状，在鱼至两栖动物的进化中并无贡献，这发现使人怀疑此前的扇鳍目也是同样缺乏说服力。
两栖纲至爬虫纲
在这转变时期中并无化石的证据。塞莫利亚（Seymouria）乃是早期的两栖动物化石，具有多少类似爬虫的特征，但是它们在化石历史中出现太晚，最近的证据鉴定它们为道地的两栖动物。而爬虫与两栖动物的骨骼相似，最重要的分别就在于不能变为化石的生殖系统，两栖动物在水中产卵，卵子经过复杂的孵化才变为成长的动物，但爬虫的卵子却有很厚的硬壳，内有羊膜保护胚胎，因此胚胎与成长的动物相若。达尔文的自然选择论不能解释两栖动物如何进化出爬虫的一套生殖系统。
爬虫纲至哺乳纲
最后我们谈谈达尔文主义者最引以为荣的化石证据，即古尔德和其他一些人作为结论性证据引用的具有哺乳动物特征的兽孔目爬虫（Therapsida），这一目（Order）的动物具有很多化石拥有爬虫与哺乳动物的构造，好像是这两纲之间的中间动物。其实在这两纲动物之间的分界线是很难划分的。普遍通用的标准乃是爬虫的颚骨内几个小骨，其中一块与头颅骨连接。
在这个重要的标准中，不同的兽孔目爬虫与哺乳动物酷似，它们实在可被鉴定为爬虫或哺乳纲，古尔德对这重要的构造形容得很清楚：
爬虫的下颚有几块骨，但哺乳动物则只有一块，这些不属于哺乳动物的颚骨变得越来越小，在这哺乳动物耳中的〃锤骨〃与〃砧骨〃乃是这小块的进化产物。创造论者会问，究竟这种中间构造怎样进化而来，一块骨只能单单在耳中，或是单单在颚骨中。但是古生物学家已经发现在这些被认为是像哺乳动物的爬虫中有两种进化的迹象，因为它们有两个颚骨的构造，一个具有方形的关节骨，将要变成耳中的锤骨和砧骨，另一个却是与头骨连接的鳞状齿，像今天的哺乳动物一样。
我们姑且接受古尔德的小结论，但是他所主张的哺乳动物与爬虫的过渡证据却不可同日而语。不少有哺乳动物与爬虫特征的头颅骨，可能代表爬虫与哺乳动物的中间化石，但是哺乳动物与爬虫的分别不仅是在于颚骨与耳骨，更重要的是生殖系统。在其他例子中，我们已看到骨骼的相似不是代表进化过程的连接。
菲秋马曾很确实地形容兽孔目的化石，却实在表现出化石研究中的很多疑问：〃从兽孔目的化石爬虫到哺乳动物的进化有十多种化石上的证据，我们实在无法知道哪一种化石是哺乳纲的祖先。〃很多的化石证据唯一的用途，就是能将它们排列成按部就班的进化程序，在不同种类当中有相似的骨骼构造，只提醒我们它们的相同点不一定代表进化的关系，哺乳动物大概是从很多不同的爬虫进化而来的学说并不是达尔文主义，因为达尔文的进化论需要一条单系的进化程序。
那么在兽孔目的化石中有很多与哺乳动物相同的特征，分布在很多同目的动物身上，这些动物不可能同时都是哺乳纲的祖先。一条假想的进化程序的设立，只能靠合并不同动物身上的特征，以及弄乱它们在化石年代出现的次序。要是我们假想哺乳动物从爬虫纲进化而来只有一次（这个假设下文再分析），那么大部分有哺乳动物特征的兽孔目都不是爬虫至哺乳动物的进化中间化石，如果大部分都不是，可能全部也不是。
兽孔目的假设，若是关乎进化程序的起点和终点一些特殊目标，会有更大的说服力，但是在早期的哺乳动物中有很多重要的构造上的差别，使古生物学家很难指出谁是爬虫进化来的后裔，正如他们不能鉴定谁是它们的进化祖先一样。这种情形使某些古生物学家摒弃传统，不以哺乳动物为〃单系进化〃的单位（即只从一个直系祖先而来），而主张是几个不同的兽孔目同时进化而来的多元进化系统。
若要接受哺乳动物乃是多元进化而来的话，进化论学者需要摒弃达尔文主义的传统信仰哺乳动物中的同源构造的分别，乃是基于共同的祖先经自然选择作用而来。若根据化石的证据来分析，我们还不能决定究竟哺乳动物是否只从一个祖先进化而来，但享有盛名的古生物学家乔治·辛普森，宣布哺乳动物是单系进化而来的，因为他将〃单系进化〃的定义，改为由一个低等的分类单位而来，既然兽孔目比哺乳纲低等，那么哺乳动物就是单系进化而来。
若古生物学家不仅要鉴定爬虫与哺乳动物的中间化石，还企图建立一套有系统的理论，解释整纲哺乳动物的进化来源，他们显然需要解释比颚骨和耳骨更复杂的构造。哺乳动物包括不同的种类，如鲸、海豚、北极熊、蝙蝠、家畜、猴子、猫、狗、猪、和负鼠等，若哺乳动物是单系进化而来的，上述的动物都要按照达尔文的自然选择，从不同的陆上动物祖先进化而来，那么在这些进化过程中需要经过大量的转变期动物的出现，但在化石中却完全没有这些迹象。
爬虫纲至鸟纲
始祖鸟（Archaeopteryx）这个在1。45亿年前的石层中出现的鸟化石，在达尔文的《物种起源》一书面世不久即被掘出，大大增加达尔文主义的说服力，使当时著名反对学者阿加西斯哑口无言。始祖鸟有骨骼的特征，与一种小型恐龙（psognathus）有密切的关系。始祖鸟大致上是鸟，有翅膀，羽毛，和鸟胸的叉骨，也有爪状的四肢和嘴中的牙齿。近代鸟的嘴中都没有牙齿，但有些古代鸟是例外，一种近代鸟麝雉（Hoatzin）四肢都有爪子。
始祖鸟是一个很重要的镶嵌化石，但是究竟它能否代表爬虫与飞鸟的中间动物，抑或不过是一种古代的异态动物，如现代有鸭嘴的哺乳动物鸭嘴兽（Platypus），具有另一纲动物的特征，却并非达尔文主义所言的中间动物。知道最近，始祖鸟在古生物学家眼中是进化行列的死胡同，而非现代鸟的祖先，因为在始祖鸟稍迟一点的飞鸟化石，乃是一种如海鸥一样的飞行潜水鸟，不大可能是始祖鸟的直接后裔。【注一：古生物学家查特基宣称在美国得克萨斯州找到一种古鸟的化石，年龄约为2。25亿年，被他称之为原始鸟（Protoavis）。任何早于1。45亿年的鸟化石都将推翻始祖鸟为现代鸟类的祖先。不过，查特基的报告仍有争辩，未能定论。】
最近在西班牙和中国1。25至1。35亿年前的石层中出土的鸟化石有一些爬虫的特征，可与始祖鸟扯上一点关系，但是这些化石都是残缺的，不能容许确定的结论。彼得·韦伦霍弗尔在1990年出版的一篇综论中认为，我们不能确定究竟始祖鸟是否是现代鸟的祖先。具有飞鸟进化研究权威盛誉的韦伦霍弗尔作以下的结论：〃始祖鸟与现代鸟有无关系并不重要〃，因为始祖鸟〃给我们有关飞鸟进化的证据〃，而且〃它们是进化论不可少的大力支持者〃。
所以始祖鸟可能代表一个飞鸟的祖先，但我们却没有完全的确证，正如在哺乳动物的进化中的异态，我们需要解释各种不同的鸟类如企鹅和鸵鸟等，如何从一个始祖鸟经过中间环节演变而来，这些化石的缺乏，科学家常用鸟类的