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在此我并不是暗示自然主义的科学家这样做是故意欺骗。反之，普遍来说。由于他们长久浸淫于自然主义的假定前提中而对他们理论中专断的成分毫不自觉。举例来说，让我们仔细考察以下这段话，引自海因茨·帕格尔斯所写的《理性之梦》一本讨论科学推理的书：
＇科学实验＇方法的能力非常强大，科学家对自然界几乎所有的知识都来自该方法。他们发现，整个宇宙的构造，的确是建筑在我称之为〃宇宙密码〃（cosmic
code）的看不见的普遍性的规律上的，是按一位神明（Demiurge）的蓝图而造成。【注三：该书作者所指的神明，是早期基督教中伪智派（Gnosticism）异端及希腊哲学中的观念。伪智派认为物质是罪恶的，因此上帝不会去创造物质。物质的创造来自一个位低一等的神明，称为Demiurge。伪智派有时甚至认为旧约中的上帝就是这位神明。】这些规律的例子包括量子学说及相对论、化学分子结构及化合的原则。当科学家发现这些密码时，他们其实就是翻译该神明的隐藏信息，以及他创造宇宙的秘诀。没有任何人间智慧能把信息整理得如此有条不紊，有如此奇异的想象力，有时甚至简直就是诡异！这一切必定来自一位自然界以外的智慧者！
……到底上帝就是这信息，或者他写下了信息，或者这信息自己书写，对我们的生命都毫不重要。我们可以安心地抛弃传统的神明观念，因为没有科学证据说明自然世界有一位造物主，没有任何科学证据指出在自然法则背后有一种旨意或一个目的。甚至连地球上的生物现象，虽然好像强烈地显示是有一位造物主所设计的，但这些都能够用进化论来解释。（帕格尔斯在此叫读者考察古尔德和道金斯的书来寻找证据。）总之，我们有了〃信息〃，却没有发信者。
上面引述的头一段告诉我们，宇宙一切看来好像按计划设计而来，明显到连像帕格尔斯这样的无神论者都注意到，甚至对之礼赞，将造物主称为某种〃神明〃。然后在第二段却不经意地说，并没有任何科学证据指出造物主的存在。这两段引述的文字是很好的例子，让我们了解自然主义科学家的心态，因为帕格尔斯提出了最具关键性的要点：本来好像是创造主存在的证据，却是一文不值。因为他认为在自然律以外的事物，就算有证据，却是被当作彼此矛盾的。但是反过来说，所谓〃进化〃的证据（就算仅包括微进化及自然生物的分类学关系），却把〃设计〃的可能性排除了。自然主义的哲学把帕格尔斯的心思完全控制到这个地步，甚至当他面对及描述智慧设计的证据时，竟然视若无睹。
一般来说，〃造物主的旨意〃时完全处于自然科学的范畴之外的。更清楚地说，科学并不能告诉我们，在自然定律之外有没有一种超越的旨意或目的。然而，对一个科学自然主义者而言，〃超出科学之外〃等于是在实在之外。
因此，自然主义的科学家一面可说他们并无意牵涉上帝或宗教的讨论，但一面却毫不犹豫地宣告宇宙是毫无目的的，他们觉得这说法并没有违背良知。别人认为不了解某些奥秘的原因，是科学受限制的缘故，但这却被自然主义者扭曲为现实的限制，他们觉得若在科学领域之外另有实在，是不可思议的。
这种思想的来由，出自科学家惯于用〃范式〃（paradigm）来指引他们的研究方针。根据研究科学哲学的学者托马斯·库恩的著名模式，科学的进步与古尔德和埃尔德里奇的〃间断平衡〃进化论相似，库恩的〃常规科学〃（normal
science）经过了一段稳定时期，就被〃范式转换〃所中断，换言之，一种思考问题的方法取代了另一种。正如其他哲学理论，我认为库恩的模式要小心地应用才行。但不管这模式在描述科学原则时有什么不周到之处，它很清楚地让我们看到达尔文主义的方法论。
库恩最重要的观念就是〃范式〃，它不仅仅是一种理论或假设，而是一种兼受文化偏见及科学观察所影响的意识形态。根据库恩的看法，〃任何时期科学界共同持守的信念，总免不了包涵被个人经验和历史事件所左右的专断的成分在内。〃科学家也与常人一样，他们关于现实的观念，受到产生科学〃模式〃的假设和思想的影响。
当〃范式〃为多数科学家接受之后，便成为科学研究的全盘操作的方法。这就是说，它决定了要问什么问题和收集什么资料。当〃范式〃还没有被批判被挑战时，〃常规科学〃就可以致力于作出理论的和实践的结论，甚至也要解决一些与本身〃范式〃并不相符的困惑问题。科学于是在这期间大为进步，因为科学家都同意要做的是什么，及应如何进行去作这些研究，他们不会因一些对基本假定的悬疑而受干扰。根据库恩的看法：
我们如果细心察看，就可发现，无论以前或现在的实验室里，〃常规科学〃好像总要把自然万象装入一个事先塑造好的相当没有伸缩性的箱子里，这箱子是根据当时的〃范式〃而制成的。这时科学的目标完全不想去发掘新的现象；实际上，那些不能装入该箱子的东西，常常根本不会被注意到。科学家也不想去发明新的理论，他们也常常不能容纳别人发明的理论。因此〃常规科学〃的研究只不过是要更清晰表达当时〃范式〃所带来的现象及理论。＇着重号为引者所加＇。
有些〃困惑〃越来越难解决，因此慢慢地变成为例外或反常的事物（anomalies）。只要科学研究还能成功地解决其他的问题，这些例外并不威胁当时称霸的〃范式〃。有时一项可能使人觉得不是很适合的〃范式〃，却也可以引导一门科学前进。如此经过很悠长的时日，科学家才肯相信，目前〃范式〃所具备的观念，无法解决一些非常重要的科学难题。然而，照库恩所说的，全盘委身于某一〃范式〃虽然为科学带来成功，也带来危机：
因为〃假定〃了科学界知道宇宙是怎么一回事，就促成了科学家花费很多时间从事其〃常规科学〃的研究。科学事业很多的成功，是因为科学界花很大的代价去维护上述〃假定〃。〃常规科学〃经常压抑一些基本的新发现，因为害怕妨碍了它对某些〃范式〃的忠心。但是，只要对〃范式〃具有专注的热忱，常规科学的研究必定不让新发现被压抑得太久。
人们最后不得不承认，依照目前的常规范式去作研究，会带来很多棘手的问题。这时危机就出现了，科学研究领域好像显得很混乱而多有困惑。然而再过一段时期，当新的〃范式〃取代了旧的，常规科学又得以信心百倍地继续前进。
上文提到奥弗顿法官为科学下定义时，引用波普尔的一项原则，就是说科学理论应该可以用科学方法证伪（falsifiability），然而库恩的说法却不完全同意这一点；因为要去试验察看每一项假设或每一项理论，看它是否可以用科学证伪，是不可能的事。每一项假设或理论的背后均有其假定的大前提，库恩称之为〃范式〃的，就是这些大前提的总和，也就是当时流行的〃世界观〃（world
view）。
〃范式〃本身并非一项独立的假设，因为如果实验证明不了，假设可以抛弃掉；〃范式〃是综合性地对宇宙的看法，连那些例外的事物，科学家也通过〃范式〃的眼睛去观察。根据库恩的说法，例外的事件从来不会推翻一项〃范式〃，因为维护它的科学家会用尽巧计临时增添新的假设来解释那些例外的证据。一个〃范式〃会如此称霸科学界，一直到有新的〃范式〃代替它为止。不然的话，〃拒绝一个范式，却没有别的去取代它，就等于拒绝科学〃。美国国家科学院在联邦最高法院所援用的针对〃消极辩论〃（negative
argumentation）的规则，就是运用这套逻辑。
当一个新的〃范式〃成立，不只是能解释以前的例外事物，它甚至造成整个科学界的观点改变，使人觉得本来以为是例外的事物，实际上是不可缺少的、不需解释的〃同义反复〃，即被认为非如此不可的真理。所以我们不必奇怪，为什么有些著名的科学家会推崇达尔文主义的理论是一种高深莫测的同义反复，或者干脆宣布它是一个不需要经过实验证明、逻辑上不言自明的命题。对他们来说，该主义的学说是〃非如此不可〃的真理。既然如此，任何对达尔文主义不利的反证，他们都一概不感兴趣。
库恩接着描述一些从实验得来的证据，让我们知道一般人都按照所受的训练去看一切事物；而他们认为不应该出现的，即会视若无睹，连最好的科学家也不例外；反之，因为他们要靠推理来解释那些极其难以观察的事物，他们因此更容易受〃范式〃影响而产生错误的观念。
库恩又举出另外一些例子，有关天文界能看到的一些现象，一直到哥白尼创导的天文学〃范式〃巩固之后，才正式地被〃观察〃到而得到解释。当然，假若库恩用生物进化论作为个案，他一定被定罪为〃创造论者〃。我们已经在第四章看到，化石记录显示非常广泛持久不变的常态，而达尔文主义者却闭口不提，认为没有发表的价值。这种〃坐井观天〃的思维不会因科学越来越高明而丧失。反之，因为资助研究的经费越来越受政府的集中控制，科学家只好集中精神从事被眼下〃范式〃所左右的研究工作。
新的〃范式〃并不单单对一些科学问题提出不同的答案或不同的解释。新的〃范式〃会建议问一些完全不同的问题，寻找完全不同的资料。因此，互相冲突的〃范式〃从某方面说是〃没有共同衡量标准的〃。就是说，一种〃范式〃的信从者很难与对方作理解性的沟通。当一项〃范式〃不止是特殊的科学理论，更是非常广泛的哲学观点时，库恩的〃范式〃解释更显得真是确凿了。
我再从个人经验中举一个例子，我觉得与一个自然主义的科学家讨论新达尔文主义进化论究竟是否正确，是毫无意义的。我得到的回答多半是：既然新达尔文主义是我们唯一的科学解释，它必定与真理最为接近。自然主义者通常会承认任何理论都可以改善，总有一天我们会对自然进化论有更清楚的了解。反过来说，要追问自然主义进化论本身是真是假，他们会说这是无稽之谈，自然主义进化既是唯一可以构想的对生命的解释，而生命是显然存在的，那么理论当然正确了。
我们很容易看到为什么科学自然主义对科学家而言是一种非常有吸引力的哲学。它让科学几乎完全垄断了知识的生产，担保没有任何重要的问题是科学研究不能解决的。然而我要问的却是：这种哲学观点是否仅为科学家职业的偏见（虽然是可以理解的偏见），抑或是了解自然界最客观的有效方法？有人不断把自然主义进化论渗透到社会的各个角落，使大众成为进化论的信徒，其关键就在于此。
如果科学自然主义要在当代文化中占优势，除了提供物质世界的信息之外，它必须有别的贡献，必须说明自然〃创造〃故事在精神上及道德上有什么后果。
简言之，进化论必须成为宗教。在以下几章中我们可以看到这是如何完成的。
第十章 达尔文主义者�