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【注四：细胞色素C的图表曾使《体制》的作者非常难堪。因为发现其中排字上的错误，与创造论者所写的《谈人与熊猫》类似图表中的错误相同。面对证据，《体制》进化生物学部的负责人承认抄袭了创造论者的书，不过将所列的生物种次序倒置，其他部分一字不易照抄，而且没有核对其正确性。】
在《科学体制》的前言中，作者赞扬科学是一个〃探求欢乐的无限旅程〃，并强调激发学生进行科学探求的兴奋感的重要性。无论如何，这兴奋的感觉却不可涉及进化的基本问题。他们可鼓励学生考虑从事生物工程事业，但解决进化之奥秘是不能的事，因为达尔文主义者坚持它根本没有奥秘。那〃有趣的观念问题〃已经解决，现在只能谈细节了。
《科学体制》最可取之处，就是请教师及教科书的作者不要用一些言语来暗示科学理论要根据主观成分或信众的多寡而定。
不该对学生说，〃许多科学家〃这样想或那样想。科学并非由票数决定，而是由证据决定。也不该向学生说，〃科学家相信〃。科学不是信不信的问题，乃是有没有可受观察及客观理解的证据……让学生知道在科学领域中的任何问题中，极不能因某重要人士如此说（权威）或因历来都是如此说法（传统）而决定。
但是《科学体制》马上自相矛盾，将〃进化〃仅含糊地指为〃通过时间的变化〃。因为含糊的观念是不能由观察与客观理性试验的。《科学体制》劝我们相信这含糊的观念，是因为许多科学家这样说：〃进化是一个已被接受的科学解释，所以在科学家群体中，更甚于重力与电子流动的理论，不加争辩。〃诉诸权威是无法避免的，因为达尔文主义的教育家们，不能公开揭示进化论乃至直截了当地基于《政策宣言》中所谓的哲学信条上。这信条是无法由科学方法试验与反驳的。
达尔文主义的科学家相信，这宇宙是纯由物质因果运作的封闭系统；又相信对生物界奇妙的、好似为某些目的而设计的现象，科学该提供自然主义的解释。若是没有这些假设，达尔文主义者无法推论出各大类的生物都有共同祖先，或推论随机的突变与自然选择，能代替一位有智慧的设计者。这两个基本的信条都是不能试验的，所以根据《政策宣言》都不能在科学课堂中讨论。
发起在公立学校向学生进行灌输运动，可能是达尔文主义者战术的严重失策。过去，在中学教科书中进化论的材料较少，只是说许多科学家都相信它。大学生物专业的学生或研究生院的学生才严肃讨论进化的科学证据。许多外行的人很少有机会知道，多少哲学以科学的名义讲解。即便知道内情，也无法作有效的反抗。
达尔文主义者因为自己要求公立学校〃多讲授进化论〃而改变了这得意的情况。他们真正的意思是，公立学校应该竭力说服学生相信达尔文主义，并不是要他们公正地指出使进化论难堪的证据。但在公立学校所作的是公众的事，即使创造论者也有权指出教科书或其他教材中的错误或含混躲闪之处。当局的压力可能一时有效，但坚决的反抗者终会说服大众，给他们对证据发言的机会。当圣经原教旨派以外的群众知道，达尔文主义者那样顽强地反抗一切对神的信仰，及达尔文主义极少科学证据，达尔文主义者会后悔脱离当初的掩护所了。
第十二章 科学与伪科学第十二章 科学与伪科学
卡尔·波普尔（Karl
Popper）对认识科学与伪科学的区别，提供了不可或缺的起点。廿世纪早期，年轻的波普尔住在维也纳城，那里的学术界由各种基于科学的意识形态所支配，如马克思斯主义，弗洛伊德（Freud）与阿德勒（Adler）等精神分析学派。这些意识形态普遍地被接受为自然科学的合法支派，并且因为似乎有很大的解释力而吸引了许多知识份子。波普尔观察到：
接受了马克思主义或精神分析学，会有类似理智的转变或得到启示的作用，令你看见那些门外汉所看不见的新真理。当你的眼目一旦开启，便可到处看见求证的实例，这世界充满了对理论的肯定。不管事情怎样发生都合乎其说。所以真理彰彰，不信的人显然是不愿看见明白的真理。拒绝的人或因与他的阶级利益冲突，或因“未经分析的抑制”而渴望寻求医治……。马克思的信徒翻开报纸在每页中都可找出他们对历史观点的证明。不但在新闻中、也在介绍新闻的方式表示报馆的阶级偏见，当然更在报纸没有报道的事中。弗洛伊德精神分析学家强调，他们的理论经常为“临床观察”所证实。
波普尔发觉，显然可以解释每件事的理论，实际上没有解释任何事。若工资降低，那是资本家要剥削劳动者，正如马克思所预测的。若工资提高，那是资本家要以贿赂来挽救腐败的制度，这也是马克思主义所预料的。精神分析者可以解释人为什么要谋杀，又可同样灵巧地解释为什么有人要牺牲自己的性命，去救活别人。无论如何，波普尔认为真正有解释能力的理论，应该在许多可能发生的事之外作出冒险性的预测。当预测很有可能失败的时候，预测的成功才真正有份量。
当波普尔将马克思与弗洛伊德所用的方法，和爱因斯坦所用的治学方法相比，就得了很深的印象。爱因斯坦不顾一切地以他的普通相对论（General Theory
of
Relativity），冒反证之危险，作出对实验结果的大胆预测。若结果不如预测，他的理论便会失去权威了。弗洛伊德派的人则不同，他们只去寻找求证的例子，并且将理论作成可以普遍适应的东西，所以任何事都可作为证明。马克思曾作出特殊的预测，例如关于资本主义不可避免的危机。但当所预测的事没有发生时，他的信徒们便修正理论，使它仍然可以作出解释，而不论所发生的事是正是负。
波普尔不止解决了爱因斯坦的科学方法与马克思、弗洛伊德的伪科学怎样不同的特殊问题，还着手解决了什么是科学、它与哲学或宗教怎样区别等更基本的问题。从前培根（Francis
Bacon）系统地将科学视为归纳之操练。这模式已久为人接受，认为科学家设计理论是为了解释已有的实验数据，进而累积更多的证据来求证理论。但怀疑派的哲学家，特别是休谟（David
Hume），则对能否用一系列所观察到的事实，来建立概括性定律的正确性提出质疑。在我们有限的经验中，一件事与另一件事可以重复发生许多次；但继续观察下去则常有例外，而与常规冲突。这可能性不只限在理论上。科学家因那看似无懈可击的牛顿物理学华厦，在现代技术进步、有新观察方法时崩溃，而目瞪口呆。
以归纳法作为科学的基础不止在哲学上不妥当，事实上也是不正确的，因为科学家并不照这模式作业。在科学的工作中，理论的设计常先于实验和数据的收集，而不是反方向进行的。波普尔说：“观察常是选择性的，它需要一个目标，确实的任务，兴趣，观点及问题。”若无理论，科学家便不知如何设计实验，或何处寻求重要的数据。
波普尔令人鼓舞的贡献乃在于推翻归纳法、形容科学的起点是从对世界的幻想或臆测出发。臆测可能全部或局部错误，但若充分明晰而可受评判地说出来，则可提供探究的起点。不是只要在世上寻找正面的例子，因这些是一定可以寻见的；而是要寻找反面的证据，故此知道需要更新更好的解释而藉之进步。
波普尔将他的重点以一句卓越的格言表示：“错误的科学理论，在其热望被视为正确的理论时被出卖了。”在某些个例中，这热望由于发现者的骄傲，他以手头一切的技巧去保护他的理论，因为与他的职业名誉攸关。就马克思与弗洛伊德而言，这热望由于认识世界而得的安全感所致。许多将自己的一生事业建立在那些理论上的人，在该理论被攻击时便觉得个人受威胁。这惧怕令他们不分好坏，不择手段，只要能保护他们的理论不被推翻便可。
波普尔提议以推翻的标准作为试验来分别科学与非科学；后者包括伪科学与形而上学。这些名词曾有些混乱，因为一般用法将科学作为某些主题的探究，例如，物理或生物为科学；历史与文学则为非科学。但波普尔的逻辑认为，科学的身份基于附从者对批评的态度甚过基于主题的不同。物理学家或生物学家可能使用教条或回避方式，就方法而言是不科学的。反之，历史学家或文学家可能将论文中的意义明晰表达而邀人反驳，这便是使用科学方法了。何处理论接受严谨的实际考验，何处便有科学；何处只实行保障理论而非考验，便没有科学。
“形而上学”这一概括的名词也有混乱。波普尔将一切无法实际试验的理论都归于这类。或许读者以为波普尔将“形而上学”的一切都作为胡说八道。但这是“逻辑实证论”（logical
positivism）时髦的见解，而非波普尔的见解。逻辑实证论者将一切思想都以科学标准来衡量，因此认为可以证实的言论才有意义。把无法证实的言论，例如“奸淫是不道德的”之类，作为无意义的喧哗，或作为仅是个人爱好的表达而已。
波普尔激烈反对逻辑实证论。他认为若将形而上学放弃，则一切知识，包括科学知识，都是不可能的。宇宙性的陈述，例如普通科学大定律，是无法求证的。（我们怎能求证在整个宇宙中熵永远增加呢？）波普尔认为从形而上学中，即从对世界的想象臆测中，科学产生了。举个例说，占星术与古时的神话曾有助于天文学之发展。科学探究之要点不是直接拒绝形而上学的论调，而是在可能的范围内，企图将之化为可以实际试验的理论。
波普尔坚持说形而上学屡屡重要而有意义，虽然不能科学化地试验，但可受人评判，取此舍彼都可说出理由。波普尔甚至说，弗洛伊德与阿德勒等伪科学家，也有宝贵的洞察力，将来可能在实际的心理学界中有他们的地位。波普尔对他们的批评，并不是说他们的理论是无稽之谈，仅是说他们在临床检查中，让自己随时可以找到正面的证据而欺骗了自己。
由于这些复杂因素，自然科学与其它可贵的理智活动，其推翻的标准可以一致。波普尔的贡献乃在提倡不必为科学划出界线，但要强调对科学家或非科学家同样重要的，而常被忽略的理智上之正直。他告诉我们不必惧怕做错，不要遮盖已做错的事；不要躲避在易于解释一切的世界观所产生的安全错觉中。
我们若用波普尔的格言来判断达尔文主义者的作风，会有什么结果呢？达尔文自己虽较坦白地承认：证据对他的理论要点难于一致。但最后每一难处他都以高调的词藻去解决。他形容《物种起源》是“一冗长的辩论”。辩论的中心便是认为共同祖先是很合理的，所以严谨的试验是不需要了。达尔文没有提出冒险性的实际试验，所以这科学的开头便错了。他领先以理论化解化石记录；引用人工选种繁殖为证据但不提及它的限度；将微变与巨变的重要分别抹杀，因此自己树立了