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以可以任意调换代码的位置而不发生错误。
当然，随着病毒制作水平的提高，很多感染DOS下的EXE文件和视窗系统的EXE文件的病毒也是用了头寄生的方式，为使得被感染的文件仍然能够正常运行，病毒在执行原来程序之前会还原出原来没有感染过的文件用来正常执行，执行完毕之后再进行一次感染，保证硬盘上的文件处于感染状态，而执行的文件又是一切正常的。
“尾寄生”：
由于在头部寄生不可避免的会遇到重新定位的问题，所以最简单也是最常用的寄生方法就是直接将病毒代码附加到可执行程序的尾部。对于DOS环境下可执行文件来说，由于文件就是简单的二进制代码，没有任何结构信息，所以可以直接将病毒代码附加到程序的尾部，然后改动文件开始的3个字节为跳转指令：
JMP ［病毒代码开始地址］
对于DOS环境下的EXE文件，有两种处理的方法，一种是将EXE格式转换成格式再进行感染，另外一种需要修改EXE文件的文件头，一般会修改EXE文件头的下面几个部分：
代码的开始地址
可执行文件的长度
文件的CRC校验值
堆栈寄存器的指针也可能被修改。
对于视窗操作系统下的EXE文件，病毒感染后同样需要修改文件的头，这次修改的是PE或者NE的头，相对于DOS下EXE文件的头来说，这项工作要复杂很多，需要修改程序入口地址、段的开始地址、段的属性等等，由于这项工作的复杂性，所以很多病毒在编写感染代码的时候会包括一些小错误，造成这些病毒在感染一些文件的时候会出错无法继续，从而幸运的造成这些病毒无法大规模的流行。
感染DOS环境下设备驱动程序（。SYS文件）的病毒会在DOS启动之后立刻进入系统，而且对于随后加载的任何软件（包括杀毒软件）来说，所有的文件操作（包括可能的查病毒和杀病毒操作）都在病毒的监控之下，在这种情况下干净的清除病毒基本上是不可能的。
“插入寄生”：
病毒将自己插入被感染的程序中，可以整段的插入，也可以分成很多段，有的病毒通过压缩原来的代码的方法，保持被感染文件的大小不变。前面论述的更改文件头等基本操作同样需要，对于中间插入来说，要求程序的编写更加严谨，所以采用这种方式的病毒相对比较少，即使采用了这种方式，很多病毒也由于程序编写上的错误没有真正流行起来。
“空洞利用”：
对于视窗环境下的可执行文件，还有一种更加巧妙的方法，由于视窗程序的结构非常复杂，一般里面都会有很多没有使用的部分，一般是空的段，或者每个段的最后部分。病毒寻找这些没有使用的部分，然后将病毒代码分散到其中，这样就实现了神不知鬼不觉的感染（著名的“CIH”病毒就是用了这种方法）。
CIH的具体感染机制我们会在后面专门论述CIH病毒的一节中详细说明。
寄生病毒精确的实现了病毒的定义，“寄生在宿主程序的之上，并且不破坏宿主程序的正常功能”，所以寄生病毒设计的初衷都希望能够完整的保存原来程序的所有内容，因此除了某些由于程序设计失误造成原来的程序不能恢复的病毒以外，寄生型病毒基本上都是可以安全清除的。
除了改变文件头、将自己插入被感染程序中以外，寄生病毒还会采用一些方法来隐藏自己：如果被感染文件是只读文件，病毒在感染时首先改变文件的属性为可读写，然后进行感染，感染完毕之后再把属性改回只读，病毒在感染时往往还会记录文件最后一次访问的日期，感染完毕之后再改回原来的日期，这样用户就不会通过日期的变化觉察到文件已经被修改过了。
根据病毒感染后，被感染文件的信息是不是有丢失，我们把病毒感染分成两种最基本的类型，破坏性感染和非破坏性感染，对于非破坏性感染的文件，只要杀毒软件清楚的掌握了病毒感染的基本原理，准确的进行还原是可能的，在这种情况下，我们称这个病毒是可清除的。而对于破坏性感染，由于病毒删除或者覆盖了原来文件的全部／部分内容，所以这种病毒是不能清除的，只能删除感染文件，或者用没有被感染的原始文件覆盖被感染的文件。
DOS环境下的和EXE文件具有完全不同的结构，所以病毒感染的方法也完全不一样，有的病毒根据文件后缀名来判断感染的是还是EXE文件，而另外一种更加准确的方法是比较文件头，看看是不是符合EXE文件的定义。根据文件后缀名来进行感染经常会造成错误，一个最典型的例子是视窗95系统目录下的“MAND”文件，后缀名显示它是一个文件，但是这个大小超过90K的文件实际上是一个EXE文件。那些根据文件后缀名进行感染的病毒一旦感染这个文件就会造成文件的损坏，这也是很多用户发现自己在视窗下无法打开DOS框的原因。
覆盖病毒：
这种病毒没有任何美感可言，也没有体现出任何高明的技术，病毒制造者直接用病毒程序替换被感染的程序，这样所有的文件头也变成了病毒程序的文件头，不用作任何调整。显然，这种病毒不可能广泛流行，因为被感染的程序立刻就不能正常工作了，用户可以迅速的发现病毒的存在并采取相应的措施。
无入口点病毒：
这种病毒并不是真正没有入口点，只是在被感染程序执行的时候，没有立刻跳转到病毒的代码处开始执行。也就是说，没有在文件的开始放置一条跳转指令，也没有改变EXE文件的程序入口点。病毒代码无声无息的潜伏在被感染的程序中，可能在非常偶然的条件下才会被触发开始执行，采用这种方式感染的病毒非常隐蔽，杀毒软件很难发现在程序的某个随机的部位，有这样一些在程序运行过程中会被执行到的病毒代码！
那么，这种病毒必须修改原来程序中的某些指令，使得在原来程序运行中可以跳转到病毒代码处。我们知道x86机器的指令是不等长，也就是说无法断定什么地方开始的是一条有效地、可以执行到的指令，将这条指令改成跳转指令就可以切换到病毒代码了。聪明的病毒制造者从来不会被这种小儿科的问题难倒，他们发现了一系列的方法可以做这件事情：
* 大量的可执行文件是使用C或者帕斯卡语言编写的，使用这些语言编写的程序有这样一个特点，程序中会使用一些基本的库函数，比如说字符串处理、基本的输入输出等，在启动用户开发的程序之前，编译器会增加一些代码对库进行初始化，病毒可以寻找特定的初始化代码，然后使用修改这段代码的开始跳转到病毒代码处，执行完病毒之后再执行通常的初始化工作。“纽克瑞希尔”病毒就采用了这种方法进行感染。
* 病毒的感染部分包括了一个小型的反汇编软件，感染的时候，将被感染文件加载到内存中，然后一条一条代码的进行反汇编，当满足某个特定的条件的时候（病毒认为可以很安全的改变代码了），将原来的指令替换成一条跳转指令，跳转到病毒代码中，“CNTV”和“中间感染”病毒是用这种方法插入跳转到病毒的指令。
* 还有一种方法仅仅适用于TSR程序，病毒修改TSR程序的中断服务代码，这样当操作系统执行中断的时候就会跳转到病毒代码中。（比如说修改21H号中断，这样任何DOS调用都会首先通过病毒进行了）
TSR（Terminal Still Resident中止仍然驻留）程序，是DOS操作系统下一类非常重要的程序，包括所有的DOS环境下的中文操作系统（CCDOS、中国龙等）等一大类程序都是TSR程序。这类程序的特点是程序执行完毕之后仍然部分驻留在内存中，驻留的部分基本上都是中断服务程序，可以完成特定的中断服务任务。
除此之外，还有另外一种比较少见的获得程序控制权的方法是通过EXE文件的重定位表完成的。
伴随病毒
这种病毒不改变被感染的文件，而是为被感染的文件创建一个伴随文件（病毒文件），这样当你执行被感染文件的时候，实际上执行的是病毒文件。
其中一种伴随病毒利用了DOS执行文件的一个特性，当同一个目录中同时存在同名的后缀名为的文件和后缀名为。EXE的文件时，会首先执行后缀名为的文件，例如，DOS操作系统带了一个XCOPY。EXE程序，如果在DOS目录中一个叫做XCOPY的文件是一个病毒，那么当你敲入“XCOPY （回车换行）”的时候，实际执行的是病毒文件。
还有一种伴随方式是将原来的文件改名，比如说将XCOPY。EXE改成XCOPY。OLD，然后生成一个新的XCOPY。EXE（实际上就是病毒文件），这样你敲入“XCOPY （回车换行）”的时候，执行的同样是病毒文件，然后病毒文件再去加载原来的程序执行。
另外一种伴随方式利用了DOS或者视窗操作系统的搜索路径，比如说视窗系统首先会搜索操作系统安装的系统目录，这样病毒可以在最先搜索目录存放和感染文件同名的可执行文件，当执行的时候首先会去执行病毒文件，最新的“尼姆达”病毒就大量使用这种方法进行传染。
文件蠕虫：
文件蠕虫和伴随病毒很相似，但是不利用路径的优先顺序或者其他手段执行，病毒只是生成一个具有“INSTALL。BAT”或者“SETUP。EXE”等名字的文件（就是病毒文件的拷贝），诱使用户在看到文件之后执行。
还有一些蠕虫使用了更加高级的技术，主要是针对压缩文件的，这些病毒可以发现硬盘上的压缩文件，然后直接将自己加到压缩包中，目前病毒支持的压缩包主要是ARJ和ZIP，可能主要原因是因为这两种压缩格式的资料最全，压缩算法也是公开的，所以病毒可以方便的实现自己的压缩／增加方法。
针对批处理的病毒也存在，病毒会在以BAT结尾的批处理文件中增加执行病毒的语句，从而实现病毒的传播。
链接病毒
这类病毒的数量比较少，但是有一个特别是在中国鼎鼎大名的“目录2”（DIRII）病毒。病毒并没有在硬盘上生成一个专门的病毒文件，而是将自己隐藏在文件系统的某个地方，“目录2”病毒将自己隐藏在驱动器的最后一个簇中，然后修改文件分配表，使目录区中文件文件的开始簇指向病毒代码，这种感染方式的特点是每一个逻辑驱动器上只有一份病毒的拷贝。
簇：由于硬盘上每一个扇区的大小一般只有512字节，如果一个文件分布在很多的扇区中，要想完整的在文件分配表中表示这个文件占用的扇区将会使用非常多非常多的目录空间，例如1个1M的文件，将需要2K字节的空间表示文件占用扇区的情况。所以所有的文件系统都引入了簇的概念，一个簇就是很多个扇区，但是组合在一起作为文件分配的最小单位，簇的大小有4K、16K、32K等多种。
在视窗NT和视窗2000操作系统中，还有一种新的链接病毒，这种病毒只存在于NTFS文件系统的逻辑磁盘上，使用了NTFS文件系统的隐藏流来存放病毒代码，被这种病毒感染之后，杀毒软件很难找到病毒代码并且安全的清除。
对象文件、库文件和源代码病毒
这类病毒的数量非常少，总数大概不会超过