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特别是东汉桓帝延熹年间国中屡发“大疫”。延熹五年瘟疫对军事的影响已见前述。延熹七年襄楷上疏警告皇帝称：当前“天象异，地吐妖，人疾疫，”可能会引发社会变乱。这一预言不到二十年就应验了。桓帝死后，灵帝时代大疫又于公元171年、173年、179年、182年、185年五次爆发流行。
其中尤以灵帝光和五年春（公元182）的大疫最为猛烈。次年即光和六年（公元183年），张氏三兄弟（张角、张宝、张梁）趁民间大疫流行，“以妖术教授，立‘太平道’，咒符水以为人疗病，民众神信之。十余年间，徒众数十万。”其徒党诡称“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”，起事焚烧官府，劫掠州邑，旬月之间，天下响应。这就是著名的“黄巾起义。”
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由黄巾起义，中经三国分裂，直到晋武帝泰始元年（公元265）重新统一中国为止，战乱分裂绵延持续八十余年。而在这期间，瘟疫仍然反复发作不已。
东汉末名医张仲景在《伤寒论》序中悲沉地说：“余宗族素多，向余二百。建安经年以
来，犹未十年，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七。（意谓“我的家族人多，二百余口人，自建安元年以来不到十年，死去了三分之二，其中十分之七是死于伤寒。”）
战乱与疾疫，导致这一时期中国人口锐减。汉桓帝永寿三年（公元157）统计全国人口五千六百五十万。仅八十年后，晋武帝太康元年（公元280）统计，全国人口仅有一千六百余万，锐减去四分之三）。毛泽东曾注意到汉末三国时期中国人口的锐减情况，云“原子弹不如刘关张的大刀长矛厉害”。其实，导致这一时代中国人口锐减的更重要原因并不仅是战争，而是饥荒和瘟疫。
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被当时人称为“伤寒”的这种流行瘟疫究竟是什么疫病，这一点过去史家无所论及。但从有关史料看，这种疫病发病急猛，致死率很高。病的主要特征是高热致喘，气绝而死。一些患者体有血斑瘀块。（故称为“伤/疡”。）
根据史料所记述的疫情特点：（1）由动物（马牛羊等）作为病毒宿主传播，（2）起病急猛，高热，（3）患者体有出血瘀点，（4）具强烈传染性；似可以推断当时流行的这种“伤寒”可能是两种与啮齿类动物有关的烈性传染病。一是鼠疫，二是流行性出血热。笔者窃以为当时东北中国流行的主要是后者，但此病基本未过长江。盖大江阻隔了老鼠也。
流行性出血热（EHF）又称病毒性出血热，是一组由动物性虫媒病毒（特别是鼠类）引起的传染病。以高热、出血（体有出血斑点）和休克为主要临床特征，病死率相当高（40％—50％）。（“出血热由汉他（滩）病毒引起，所致疾病称为汉滩病毒肺综合症，英文缩写为HPS。”）
现代医学认为出血热的宿主动物和传染源，主要是小型啮齿动物（包括家鼠、田鼠、仓鼠）。但临床上已查出30种以上动物可自然携带本病毒，除啮齿动物外，一些家畜也携带EHFV，包括马、家猫、家兔、狗、猪等，证明有多宿主性。值得注意的是，这些作为病毒载体的宿主动物本身染疫后，却很少发病，而只是通过接触将瘟疫传给人类。
我们可以设想，匈奴将马匹和牛羊尸体染致患病者的排泄或分泌物（即“诅”、“蛊”）后，将动物或动物尸体施放给汉军。汉军染病后，其排泄物又通过老鼠及家畜向内地反复传播。由此即引发了自公元1世纪至4世纪前后数百年间在中原地区反复发作的“伤寒”瘟疫。
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疫疾的流行引起东汉末民间道教与王室贵族中佛教的盛行。实际上，在中国早期道教和佛教最初流行时，都是作为一种医道和长生道而被信仰的。
道教本起于战国后期东齐海滨方术士的民间信仰。（陈寅恪观点。）西汉时期与黄老哲学及导引吐纳养生方术相结合，仅流行于贵族中。汉武帝尊儒而贬黜黄老，黄老之术降入民间。在东汉后期，由于“伤寒”疾疫的流行，有方士于吉、张陵、左慈、张鲁等以符水方术为人治病，传布“太平清领书（《太平经》），使其逐步发展为道教。与黄巾的“太平道”一样，其在民间的流传与当时瘟疫大流行的背景有直接关系。
浮屠（佛教）于战国末已传入中土，但其立教并开始流行于上层精英中，或始于元狩二年三月。霍去病远北匈奴，可匈奴祭天所获休屠王祭天金人，有人认为是金佛象。带到长安后，武帝诏于甘泉宫中为立祠（敦煌莫高第323窟有此事绘画）。后汉明帝时期。东汉后期，精英贵族中（当时称为耆旧俊彦）已流行崇信佛教。当时人认为，“此道清虚，贵尚无为，好生恶杀，省欲去奢。”也是一种养生之道。明帝永平八年（公元65）致楚王英诏书：
“楚王诵黄老之微言，尚浮屠（佛陀）之仁祠，洁斋三月，与神为誓。”
洁斋即洁静服素守斋，是一种养生保健之道。在东汉末桓灵时代的疾疫流行时期，汉桓帝亦于宫中设立黄老浮屠之祠。“自永平以来，臣民已多有习浮屠术者，至桓帝，方笃好之，常躬自祷祠，由是其法渐盛。”
我们应注意到，早期佛教的传入，不仅包涵着经、教、学、法的传入，也包涵着古印度医学和医术的传入（汤用彤曾论之）。桓帝时在洛阳传佛的西域高僧安世高，既是一代佛学大师，也是一位医术高超的名医，所以信徒众多。
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三国割据时的建安正始时代，疾疫仍多次流行，不仅平民，当时的名士贵族，多夭折短寿。例如所谓建安七子、正始七贤（即竹林七贤），以及一时名士王弼、何晏诸辈，多数死于壮年（四十岁左右）。善养生的阮籍，也仅活了五十余岁。贵族精英如此，平民之命夭可知。当时人多数死于瘟疫。所以魏文帝曹丕《答吴质书》中曾悲叹说：
“昔年疾疫，亲故多离其灾。徐、陈、应、刘，一时俱逝，痛可言邪？……谓百年已分，长共相保，何图数年之间，零落略尽，言之伤心。”
裴松之也说：“自中原酷乱，至于建安，数十年间生民殆尽。比至小康，皆百死之余耳。”
战乱兵灾加上瘟疫疾病，使建安正始时代成为一个色彩阴暗悲怆的时代。
难怪建安正始文士之诗作常以“七哀”为题，作悲苦之音，充满萧杀之气。如阮籍的“
七哀”：
“丁年难再遇，富贵不重来。良时忽一过，身体为土灰。冥冥九泉室，漫漫长夜台。身尽气力索，精魂糜所能。嘉肴设不御，旨酒盈觞杯。出圹望故乡，但见蒿与莱。”“浩浩长河水，九折东北流。……临河累太息，五内怀伤忧。”
王粲“七哀”亦哀叹曰：
“……出门无所见，白骨蔽平原。……南登灞陵岸，同首望长安，悟彼林下泉，喟然伤心肝。”
由此引致中国哲学及文化主题，由两汉时代本以经学政治伦理为主题的讨论，转变到魏晋时代关注存在意义和生命真伪的问题讨论，导致清谈和玄学的兴起。
晋宗懔《荆楚岁时记》：“五月五，四民踏百草，又有年百草之戈。丈以为人，悬门户上，以禳毒气。”
艾蒿和菖蒲有明显的医药作用。艾，俗称艾蒿，家艾，散发出一种清黍的气味，是一味中药。南朝陶宏景《名医别录》载：“艾，主灸百病”叶入药，性温味苦，有和营血、暖子宫、祛寒湿的功能。艾叶油有明显的平喘、镇咳、祛痰及消炎作用，叶加工如绒，称“艾绒”，为灸法治病的燃料。另外“大艾”复制成艾片，中医学上用于芳香开窍药；也可用作杀菌、防腐、兴奋剂。
菖蒲，生于水边，又名“剑水草”、“白菖”俗称蒲草。《本草纲目》说，菖蒲，乃蒲类之昌盛者，故曰：菖蒲，有香气，是提取芳香油的原料。它也是一味中药，具有开窍、行气止痛、祛风湿的功能，也可作芳香健胃剂。用菖蒲浸制的药酒，传说饮后可避瘟气，延年益寿。《荆梦岁时记》：“端午以菖蒲一雨九节者，泛酒以避瘟气。”宋代欧阳修在《端午贴子词》中写道：“共存菖蒲酒，君王寿万春。”在民间常将菖蒲叶与艾叶结成束，或烧以花序，以熏蚊虫。
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“清谈”一词，源之于曹丕诗：
“所亲一何笃，步趾慰我身。清谈同日夕，情眄叙忧勤。”
清谈谈玄之风始于曹丕的提倡：“太子丕宴会，众宾百数十人。太子建议曰：君父各有笃疾，如药一丸，可救一人，当救君邪？父邪？众人纷纭，或父或君。（可以注意到此也与疾病的救治有关。）
“魏文慕通达，而天下贱守节。其后纲维不摄，而虚号放纵之论盈于朝野。（晋书·言传）
魏晋时期哲学中流行崇尚虚无与放达的存在主义，文学中充满慨叹人生苦短，生死无常的空旷、悲凉、清脱、玄虚的气氛，构成建安正始永嘉三代主流思潮的基本特点。此不仅与当时的社会动荡不安有关，也与人类在瘟疫面前的无能和无力感有关。
时孔门儒家正统（如孔融）反曹，仍崇尚名教以尊汉室。而曹丕乃倡导清谈，尚通脱非名教以破之。魏代汉后，玄言清谈由曹丕等之提倡而成为学术主流。晋室废魏，司马氏复以推崇名教为标榜。当时崇尚名教者拥汉、拥晋。反名教者则拥曹氏。阮籍说：“汝君子之礼法，诚天下残贼乱危死亡之术耳！（晋书，阮传）古今论魏晋清谈者多，但对上述社会背景及意识形态特点，则鲜及之。
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由于汉末的动乱，连年的战争及瘟疫残害了无数人的生命，生存问题遂成为尖锐的问题，贵族、士人为躲避疾疫，延长生命，多亲自入山采集药石。如名士“（嵇）康尝采药游山泽，会其得意，忽焉忘返。（晋书·嵇康传）又如著名贵族、书法家王羲之“与道士许迈，共修服食，采药石，不远千里，遍游东中诸郡。穷诸名山，泛沧海，叹曰：‘我卒当以乐死’！（《晋书·王羲之传》）
由此可知，山水之美，也是名士们在采药与浪游之中发现的。当时士人所练导引吐纳，服药采炼之法，名为求仙，实仍是求现世的祛病健身之术。
针对“伤寒”的流行，当时士人流行服用一种能致人发热的“寒食散”。 寒食散又名“五石散”。主要原料是紫石英、白石英、赤石脂、钟乳、石硫黄。（余嘉锡对此有详考。）用这些原料炼出来的药物，服用之后，据说能散寒气，补不足，祛病延年。隋代巢元方《诸病源候总论·寒食散发候篇》云：“近世尚书何晏，耽好声色，始服此药，心加开朗，体力转强。京师翕然，传以相授，历岁之困，皆不终朝而愈。”
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