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这里面关键一点，就是把什么当成科学？是把知识本身当成科学，还是把求知的过程当成科学。人们在科学原则、科学方法指导下进行科学研究，这种研究活动本身才是真正的科学。至于那些经过检验被证明是正确的结论，只是这个科学过程的结果。
事实上，完全正确没有瑕疵的科学几乎不存在。即使《天体运行论》、《自然哲学的数学原理》、《物种起源》这样划时代的科学著作里，也都包含着大量神学讨论，以及后来被认为是错误的结论。
在科幻文学的欣赏过程中，如何看待以往科幻小说中的知识，是与此关系最密切的问题。如果我们坚持只有正确的知识才是科学，那么，科幻小说的经典宝库就必须定期清除，最后恐怕留不下多少在科学上绝对正确的作品。而如果我们认为，科学在于过程，在于原则和程序，那么，一篇科幻小说只要描写了科学探索的过程，它就是科幻小说。即使若干年后，它的结论不再正确。
举一个比较典型的例子吧——威尔斯的《摩诺博士岛》。在这部作品里，威尔斯设想了改造动物机体，以改变它们的行为方式的技术。尽管威尔斯曾经受过专业的生物学教育，但在他创作这部书的十九世纪末，遗传学还只处在萌芽状态，更没有DNA的概念。所以，威尔斯把器官移植作为形成这一奇迹的技术基础。用今天的眼光看这当然是不可能的。并且，在根据这部小说改编的最新版科幻片里，摩诺博士转而使用基因改造来实现他的目的。但《摩诺博士岛》原著的思想价值和文学价值均不受这一落伍的影响。它仍然是世界科幻经典之一。
科幻创作与欣赏中还有一个问题与此关系密切，那就是所谓“硬伤”问题。什么是“硬伤”并没有明确定义。许多科幻爱好者们干脆把“硬伤”确定为小说里所有与即有科学知识相矛盾的地方，并且以挑“硬伤”为阅读乐趣，进而因为一些“硬伤”而否定作品本身的价值。其实，不惟科幻文学，其它类型文学在涉及专业知识时，也会有硬伤问题出现。比如，能不能“戏说”历史，便成为历史体裁文学的一个重要问题。但由于科幻文学高度依赖于科学知识，所以硬伤问题成了科幻文学的突出问题。
笔者认为，科幻小说中的硬伤，应该是作者无意识犯的科学错误，它和构思无关。比如，某作者在作品里描写金星上的太阳象地球上一样东升西落。读者在来信中指出，金星与地球自转相反，太阳在那里应该西升东落。作者本人看到这个意见后，承认那是自己知识不足导致的错误。这便是硬伤的例子。
而在一些科幻作品里，作者出于艺术上的目的，刻意违反即有的科学知识。比如，凡尔纳在《地心游记》里，通过“我”的口，讲述了正统的地球结构理论，通过这些文字，我们发现凡尔纳完全知道地质学上关于地球内部结构的研究成果。而李登布洛克作为标新立异者，坚持地心为空心的理论，并且最终被“实践检验”为正确，是艺术上的虚构。在《首批登上月球的人们》开篇的地方，威尔斯也介绍了当时天文学家对月球的一般结论：无空气、昼夜温差巨大、无生命，等等。所以，后来那个有空气和水，有生命，甚至有超越地球人的智慧的高级生命的月球，完全是作者有意的艺术构造。威尔斯把环形山写成月球人在月心钻洞挖出的岩石，并不意味着他自己相信这一点。
前述《重力的使命》一例，克莱门特完全知道这种扁圆星球不存在于真实的太空中。宫岐俊在他的科幻题材卡通作品里，让不符合空气动力学的巨大飞艇满天飞翔。特德奇昂在《巴比伦塔》中，刻意营造符合古人自然观，而不符合现代科学知识的背景。这都是从不同创作目的出发，有意违背科学知识的实例。
另一种情况更常见，那便是科幻小说的情节从真实向幻想“跳跃”的过程，既然要描写并不存在的发现或发明，作者当然不可能遵循既有的科学知识。他们总要从既有的科学知识出发，然后虚笔带过那个“跳跃”过程，使情节进入虚构的科学世界中。
第五节：奇迹与“解构”
在科学哲学家眼里，现有的科学理论都是可以突破，可以发展的。但它们却不会无缘无故地发展，而是受到了异质现象的冲击。面对这些新奇现象，科学家们总会试图以原有的科学理论去解释，但到了无法解释时，便会刺激新理论，新知识的诞生。
并非只有科学理论才是如此。现实生活中，每个人都有一套自己看待世界的“理论”，也都习惯于把新奇事件纳入旧的观念体系中去。科学工作者因为“见多识广”，在观念的自我突破方面，比普通人更主动。
在法国作家罗尼的科幻小说《另一个世界》里，主人公“我”拥有奇特的视力，可以看到空气中飘浮的奇异生物，而正常人则看不到。“我”生活在封闭落后的波内尔乡村，被邻里们当成怪物。“我”的愿望，就是成为科学家研究的对象，任何一个科学家都行。当“我”终于见到科学家凡德那维尔博士时，“我体会到了人类抵达迦南时的那种百感交集的心情——因为得到上帝应允之地而欢喜，也因为被上帝遗弃的命运而恐惧。”《科幻之路六卷》62页，福建少儿出版社出版。而这位博士确实思想开放，眼光敏锐，开始和“我”共同研究这些奇异现象。
不过，《另一个世界》写于十九世纪，科学的上升期，科学仍然以神秘而浪漫的气质展示在世人面前。而进入二十世纪，科学职业化了，成为“世俗”的一部分。在科幻作品里，科学工作者往往成为保守的典型。他们要用旧理论容纳一切新奇事件。
在《终结者》系列里，有一个精神病医生的角色，鲜明地概括了这一特征。在该系列的第一集中，萨纳康拉和未来战士卡尔雷斯被警方逮捕。由于事情奇怪，警方请这位精神科医生来作诊断。在影片里，他表现得十分专业：以非指导性原则，鼓励卡尔雷斯把他的经历说下去。但在诚恳的职业外貌下面，是他对这一事件的完全不接受，把卡尔雷斯和萨纳康拉完全当成妄想症患者。在第一集里，精神病医生没有亲眼目睹任何一次超现实的事件。而在第二集里，他在精神病院的走廊上，看到了终结者和液体金属机器人拨枪对射的场面。那是他的观念体系无法“整合”的事件。到了第三集里，当警察把卡特布鲁斯特从墓室里救出后，精神病医生又出现了。他完全沉浸在对往事的回忆里，看得出，二十多年的时间过去了，他仍然无法理解那个事件。而当他又一次看到终结者时，只有落荒而逃。
第六节：自然科学的“霸权”
在科学界，自然科学先于社会科学而成熟，由此便产生了对社会科学的岐视。比如，称自然科学为“硬科学”、精密科学，称社会科学为“软科学”。这种表面中立的称呼实际上包含着歧视色彩。又比如，将自然科学的结论或方法论直接引入社会科学，以力学、生物学的观点看待人类社会和心理规律，要求以黑箱方法研究人的心理现象，反对“内省法”，等等。
科幻作者和科幻爱好者未必清楚这些科学界的争论，但在科幻圈里，却也存在着对社会科学幻想小说的歧视。在西方科幻界，社会科学幻想小说被顺理成章地称为“软科幻”，与以自然科学为题材的“硬科幻”相对。相当一批科幻作者不承认社会科学题材科幻小说是“正统科幻”、“纯科幻”，而只是把它们当成社会问题小说看待。他们至多可以接受在一篇自然科学题材科幻小说探讨一些社会变化。在创作领域，以自然科学为题材的科幻小说更是远远多过以社会科学为题材的科幻小说。
当然，这种自然科学的“霸权”在社会科学界也正受到抵制。科学家逐渐认识到，人类社会拥有自身的规律，需要新的科学方法论。而在科幻创作中，也出现了探索社会科学题材的倾向。六十年代开始于英国的“新浪潮流派”就是这一倾向的重要代表。
第七节：科幻小说中的科学研究方法
大部分科幻小说都只是涉及科学研究的成果，很少有哪部作品谈论到科学研究方法。但如果有这样的小说，它就是科幻小说的范本与核心了。刘慈欣的《球状闪电》，就是这样的“核心科幻”。
这部作品以自然科学之谜“球状闪电”为题材，描写了几代科学家为之倾毕生经历的故事。其中，以前苏联秘密进行军事用途的研究为背景，讲述了“线性的”，“机械论”的思维如何束缚科学家的思想：前苏联从六十年代开始，在某秘密基地设置了“3141”项目，那是世界上最大的球状闪电研究基地。苏联方面甚至建立了一个小城市，保障其供给，并且掩人耳目。项目启动三年后，在偶尔的情况下，苏联科学家制造了第一个球状闪电。于是，他们把当时的各种参数记录下来，在同样条件下反复实验，结果，球状闪电却再没有如愿出现。
面对这一情况，当时的项目负责人不是开创性地思考问题，而是去怀疑，最初的参数记录被“帝国主义间谍”伪造了。项目参与者被审查，搞得人人自危。后来，项目组改变参数进行实验，穷三十年之力，也只制造出二十七个球状闪电。而且由于它们不请自到，无法控制，还付出了人命的代价。
苏联解体后，该项目自然被取消了。后来，主人公林云和陈博士从项目参与者格莫夫那里，知道这一封存的历史。他们用创造性的思维判断，球状闪电不是闪电，而是被闪电激发出的特异空间结构。以前人们用机械化的思维研究这一课题，无异于守株待兔。于是，他们改用移动的人工放电进行搜索，终于可以成批地找到球状闪电。
作者刘慈欣在本书后记中介绍说，这部书里的“球状闪电”研究既不是现实中的真实情况，也不是他自己关于球状闪电的初步理解，完全是艺术虚构。所以，不能在表面意义上理解这一情节。作者完全是在写传统和现代的不同科学观的变化。
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与科幻文学一样，科学哲学本身也在发展变化之中。科学哲学对科幻创作的影响，更是乏人关注的课题。笔者把这个问题作为《科幻文学与科学》的开篇，正是为了强调它的重要性和基础性。舒东的思考或许可以作为本篇的结尾：
科幻创作在我国发展较晚，还很稚嫩。如果我们想在尽可能短的时间内赶上甚至超过西方（科幻）的发展水平，我认为，如果我们没有科学哲学的武装。就会象一个失去武器的角斗士，是永远不可能有成功的机会的。……要提高我们的科幻作品的思想内涵，没有丰富的科学哲学知识是不可能达到这个目标的。同上，77页
第六卷：科幻与科学 第二章：科学VS宗教（1）
第一节：科学与宗教的关系
第二节：对象化处理
第三节