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应该认为，这种动物当时已使达尔文想起拉马克的思想：器官不使用就要导致衰退和毁灭。后来达尔文在《日记》中描述吐科鼠时说：“如果拉马克在想出鼢鼠和盲螈两种动物如何逐渐取得瞎眼的特性的设想时知道了这一事实，那么拉马克就会对这一事实非常赞赏……。拉马克恐怕就会说道，吐科鼠现在正在转入鼢鼠和盲螈所处的那种状态”。
达尔文也注意到与椋鸟相似之处的牛背黄鸟，这种鸟和杜鹃一样，把蛋下到别的鸟巢里，喜欢停歇在马和牛背上。他在《考察日记》中指出，在北美洲有另一种牛背鸟属，它的颜色略有不同而且体形也较小。因此，这里最有趣的是在同一洲的不同地方却发现了同一属的两种相似的鸟。达尔文还指出，牛（背黄）鸟属按其身体构造来说远不同于真正的杜鹃，但却练出了最强的适应力。达尔文确认，美洲鸵鸟属的雌鸵鸟自己不孵卵，而是经常把蛋下到同类的其它雌鸵鸟的巢里，而由雄鸵鸟来孵卵，所以，有时雄鸵鸟就不得不孵由各个雌鸵鸟下在一个巢里的卵。
达尔文也注意到大批的美洲白兀鹫，这种鸟在南美洲是很普遍的，它们在美洲所起的作用相当于我们的乌鸦、大乌鸦和喜鹊。白兀鹫（正如达尔文后来才得知的那样，它是牺居在巴塔哥尼亚沙漠的）在拉普拉塔热带干草原里多得不可胜数，被人们称之为巴西卡拉鹰，因为巴西卡拉鹰经常和齐孟哥鹰、以及同分布很广的、体形不大然而胆大又惹人讨厌的巴西白兀鹫在一起，成群地聚集在屠宰场和村镇附近。相反，大兀鹰本来分布在马尔多纳多以北，看来在拉普拉塔附近出现为时并不太久。美洲兀鹰则分布在合恩角至北美洲一带。在这里，这一类到处都可看到而在欧洲却根本见不到的各种大量的鸟，当时就已使达尔文注意到，某些巴西白兀鹫在往南移时就逐渐消失，而代之以其它种类的鸟。而分布在大陆上的那些鸟中的巴西卡拉鹰，以及齐孟哥鹰，在福克兰群岛上却都看不到（而只能看到美洲兀鹰）。所有这些独特的分布群使达尔文很感兴趣，也许他为了阐明这些事实，就不得不对整个鸟类的总起源加以推测。
当地农村居民，甚至连大庄园主和拥有几千头牲畜的牧主，所表现出的愚昧无知使达尔文感到吃惊。他们对达尔文能用使他们感兴趣的罗盘来确定方向感到惊异，因为在单调的草原上能不迷失方向是具有很大意义的。他们向达尔文提出各种问题：是地球还是太阳在运动；往南去更暖和些还是更冷些；他们分不清英国、伦敦和美国，或以为英国、伦敦和美国是一个地方，或说英国是伦敦的一个大城市；他们对船上的人每天洗脸一事也感到惊奇……
六月，达尔文一次就收到许多家书。凯瑟琳是二月八日给他写的信，苏桑娜是三月三日给他写的信，卡罗莉娜和父亲也写了附言。达尔文高兴得几乎哭了。看来父亲的附言对于他来说是更加珍贵的，他大概总觉得自己前来旅行是违背了父亲的愿望的。他把系统记的并证明他在旅行期间时光过得多么有益的详细日记寄到家里。他在五月二十二日至六月从马尔多纳多写给苏桑娜的回信中，述说了他在旅行中所收到的某些成果及今后的计划。可以看出，这几行字是写给父亲的；他尽力设法要阐明关于博物学家工作重要性的思想，并表明乔赛亚·韦季武德舅舅劝说达尔文医生准许儿子去旅行是正确的。他写信告诉姐姐说：“我满有把握地认为，在这次航行中所花的时间，如果说用在其它一切方面都是浪费的话，那么对博物学来说将会是卓有成效的，而且在我看来，为了丰富总的科学宝库，我们所能做到的那么一点事情，就会同任何其它目标一样，也是值得重视的人生的目的。这些想法所产生的结果连同对未来的美好展望——在我们过了麦哲伦海峡后，我们面前就会呈现出一个美丽如画的世界——要比目前的愉快感更能促使我下定快心把这次航行继续下去。想一想安第斯山脉、瓜亚基尔的茂盛的森林、南海中的岛屿以及新南威尔士吧！我们将要看到的壮丽而富有特色的风景是多么多啊！奇异的部落是多么多啊！对于地质学和无穷的生物研究来说，这是一些多么好的机会啊！这种展望难道不可以重振最颓丧的精神么？如果我错过这个机会。我想我在坟墓中也不会得到安息的。我的确会变成一个幽灵并且出没于‘英国博物馆’之中……”
在给苏桑娜的这封信中，有几行字专门论述了黑人奴隶制度。查理写道：“如果英国将是完全废除奴隶制度的第一个欧洲国家的话，那么对她来说，这是多么值得骄傲啊！在我离开英国以前，有人曾对我这样说，在奴隶制国家住过以后，我的全部观点就会发生改变；但我所觉察到的唯一改变就是：我学会了对黑人的性格作出更高的评价。看到一个黑人而不对他发生亲切感是不可能的；他们有着那样充满着愉快、坦率、诚实的表情和那种肌肉健壮、富有优美感的体格”。他在从马尔多纳多给友人赫伯特的信中表示希望“诚实的辉格党党员”能攻击“我们著名的自由上面的那个巨大污点——殖民地的奴隶制度”。
达尔文在六月末携带自己全部小野兽，又搬到“贝格尔”号上来住，开始整理自己从马尔多纳多四郊获得的宝物，并对此作了简要的说明。他特别高兴地得知，菲茨·罗伊打算在即将来临的夏季（在南半球相当于我们冬季的几个月）绕过合恩角，转向美洲西海岸去工作。七月八日，“贝格尔”号终于起锚扬帆自马尔多纳多启航。不过想把舰长在福克兰群岛购买的纵帆船装备起来还需要很多时间。“贝格尔”号完成了装备工作，并把书信以及仔细包装好的达尔文的搜集物交付邮船后，于七月二十四日在闪电中向南沿着至里奥内格罗的航线驶去。在那里，“贝格尔”号已在八月初终于遇见了斯托克斯进行测量所乘坐的那只小纵帆船；达尔文同他一起度过了一个有趣的夜晚，交换了自己的感想，听他讲述了关于乘坐这种在公海上曾不止一次地经受住了暴风雨袭击的小船如何进行工作的困难情况。
里奥内格罗河口当时位于南美洲东海岸的最南部，居住的都是白人；里奥内格罗河口屡遭印第安人（阿拉乌康族人）的侵犯。达尔文在这里见到几处被印第安人所破坏的牧场，听到了关于击退印第安人进攻的故事。巴塔哥尼斯市座落在通往大海的里奥内格罗河口不太远的地方，这里的居民除了西班牙人以外，还有和平的印第安人。
达尔文考察了海岸的地质情况，对一些看来是从遥远的安第斯山脉冲到这里的巨砾感到惊奇，参观了可以采取大量优质纯盐（居民生活日用品）的盐湖，观赏了湖上的火烈鸟，考察了盐湖里的淤泥并看到了盐湖上的富裕居民。达尔文在这里，即在里奥内格罗附近，从高楚人那里听说有一种鸵鸟新种代替了普通南美鸵鸟。
后来取名为达尔文鸵鸟的这种新种，个子较小，两腿较短，腿上长着比较短的羽毛，全身羽毛颜色较深。
达尔文决定开始从里奥内格罗向北旅行到布兰卡港，可是后来却到达布宜诺斯艾利斯。沿途都是覆盖着枯萎的黄草丛和多刺灌木的凄凉荒野。这里唯一的一棵罕见的树被印第安人看作是神坛，树上挂满了吊挂在线上的祭品：香烟、面包、一块块布和肉，树周围都是用来作为祭品的那些已经发白的马骨头。高楚人捉住了一头迷途的母牛，然起了火，在平原上做了一顿晚餐，然后宿营。达尔文在日记中写道：“这是我在野外露宿的第一夜，用马具充当自己的卧铺……。平原上一片死寂，猎狗，那些象吉普赛人一样躺在篝火旁睡觉的典型高楚人，——这一切都深深印在我的脑海里……”
达尔文在途中间或碰见野生美洲驼——羊驼或鹿，也经常碰到接连不断地在草原上迅速跳跃的当地啮齿目刺鼠。由于逐渐靠近科罗拉多河，荒漠开始换成绿色草原，而蜿蜒的河流的两岸长满了柳树和芦苇。
达尔文驰过了一个沙丘地带（可能是科罗拉多河的旧河床），在驿站稍事休息又继续前进了。达尔文由于在布兰卡港呆了一段时间，所以深信，印第安人只是以残暴行为来回答西班牙人屠杀印第安人各部落的残暴行为。
在离布兰卡港不远，达尔文最喜欢的地方就是彭塔阿尔塔，但他又没有想到要出发到这个地方去。他现在与“贝格尔”号失去了联系，当然，他等到了“贝格尔”号的到来。
“贝格尔”号于八月二十四日到达布兰卡港，过了一星期，它又向拉普拉塔驶去。达尔文则留下来，以便继续前进，走旱路到布宜诺斯艾种斯去。不过他还是用了一些时间在彭塔阿尔塔收集化石。他在约有一点五平方公里的地方继续勘察，所以，在这里挖掘出的化石搜集物大大增多，他在这里至少挖掘出了不下五种贫齿类即巨大的树懒科化石：大懒兽、磨齿兽、臀兽、巨树懒等。正如古生物学家奥温后来在整理他的搜集物后所判明的那样，这些大小同大象或犀牛一样的动物，未必能象现代树懒科一样爬上树去，但它们能用后肢站立起来，能靠象三角架一样的一对粗厚的脚踵和一个大尾巴的支撑抱住树，把树垂倒在地，然后再去吃树上的叶子。他在这里发现了一只披有骨质甲片的大犰狳的遗骸。同现代南美洲犰狳一比，这就算是真正的庞然大物了。达尔文与向导在从海岸返回布兰卡港的途中，抓住了一只犰狳，并把它连甲烤熟，但它太小了，连两个人都不够吃。
这些发现使达尔文发生兴趣不是没有原因的。使他感到惊异的是，恰恰是在南美洲这个现在依然生存有树懒科和犰狳的地方（尽管它们现在的体形已经很小了），找到了树懒科和犰狳的化石。对此应该补充说，在这里挖掘出的贝壳，一部分是现代贝壳的样子，另一部分则接近于现代贝壳的样子。而根据所挖掘出的臀兽骸骨来判断，这些遣骸还是新鲜的，并且在和许多贝壳一起沉积到砾石里面去的时候，还被韧带连系着。因此，应该认为，这些遗骸是属于很晚的第三纪期的。
达尔文在给汉斯罗寄去一箱化石时，特别注意把这些搜集物依次编上号，并加以完善保存。他后来给汉斯罗写道：“我被您把所有的骸骨都清除干净这句话弄得惊惶不安，因为害怕把印在遗骸上的编号弄掉了。为什么我这样耽心呢？因为一部分骸骨是从含有现代贝壳的砾石中挖掘出来的，而其它的骸骨是在完全另外一些地层中挖掘出来的。刺鼠的骸骨也是与现代形状的贝壳在一起的，我认为，这是一种只有美洲�