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此外，正如我们已经指出过的那样，蔓足目的材料向达尔文清楚地证明了，确定各个物种和各个变种之间的差别是多么困难。难怪他后来称变种是“开始发展的变种”，而称物种是“发展完成了的变种”。
例如，他在一八五三年九月二十五日给虎克的信中写道：“……对我本人来说，唯一的疑问就是，类型究竟是今天正在变异呢，还是昨天已变异了……在把一定数量的类型作为不同物种而加以描述以后，我撕毁了手稿，并把这些类型合为一个物种；然后又撕毁了手稿，把这些类型又分成为一些单个的物种；然后再把它们合为一个物种（这种事经常发生）。我于是把牙齿咬得咯吱咯吱地响，诅咒物种，并且问自己：为什么我要受到这样的惩罚呢……”
关于蔓足目的著作曾被分散为几部分出版。例如，在一八五一年，曾出版了关于现代海鸭的专题研究和关于古生海鸭的专题研究；在一八五四年出版了关于现代海橡实的专题研究和关于古生海橡实的专题研究。
专心致力于蔓足目的研究，其意义首先在于它证实了达尔文的进化观点。这部著作对达尔文有莫大的好处，正如赫胥黎当时指出的那样，给他提供了深刻的实践知识，对于研究解剖学和动物发展史同动物的分类法的联系，提供了一处极好的场所。这使达尔文后来无论是在细节上，还是在批判地利用各种材料作理论结论方面，避免犯大错误。
一八五三年十一月，达尔文荣获伦敦皇家学会的皇家奖章。他的许多朋友，包括虎克在内，赶忙向他祝贺。在贺信中，达尔文最先拆开了撒宾上校寄来的一封亲切的信，可他起初对这一荣誉很冷淡。但是虎克就奖章一事所写的信对他的影响却不一样。达尔文在给虎克的回信中写道：“被人们喜爱的那个人所表现出来的温暖、友谊和美意，具有非常巨大的作用，所以同一个事实，如果象您那样说出来，就使我充满了异常喜悦的感情，使我心跳起来。请您相信，我不会很快忘记您的信给我带来的愉快。这种诚挚的、充满友爱的同情，比已颁发的和将要颁发的一切奖章更有价值”。
他仍然在患病。疾病给他带来了极大的痛苦。一八四五年他在给虎克的信中写道：“我的健康几乎总是老样子，时好时坏。我想，在最近三年内，我没有一天或者一夜不感到胃疼，而且在大多数日子里，我的体力也无时不在急剧下降”。
在他病情加剧的时候，因为学术争论，而要付出力气，并引起激动，因为即将出外旅行而感到不安，只要有这些因素，他就感到身体不适，就使得他一连要躺几个小时，有时要躺上几天。他在这个时期的工作每星期只限两天，而一天仅工作一两个小时。
只是到了一八四九年，才有人劝他去进行水疗。在这一年，他在莫尔文的一个水疗机关度过了十六个星期（从四月至七月），并在那里持续了一段时间的水疗。毫无疑问，水疗有一定的效果。例如，他在一八四九年给虎克的信中写道：“这种疗法有很大的健身作用，在这个月中，我连续不生病的天数比以前任何一个月都增多了。现在我被准许每天工作两个半小时……”
在这个时期，达尔文有时去参加英国科学协会会议。例如，在一八四六年，他偕同妻子到了当时在召开协会会议的索斯安普敦，他认为这次旅行十分成功。虽然宣读的一切报告全都枯燥无味，但达尔文在这里见到了不少老朋友，并且又结识了许多博物学家，特别是一些爱尔兰博物学家。他还同法更纳①以及其他熟人一起到温切斯特作了一次旅行。
①休·法更纳与达尔文同岁，他主要是以一个古生物学家而著名。在他的发现中，特别值得指出的是在印度锡瓦利克山脉发现的上新世的哺乳动物。
在一八四九年，他到伯明翰去参加英国科学协会会议是非常不成功的。他由于身体不适没有去沃里克旅行，在会议上，“由于长时间的朗诵而精疲力竭”。
在这几年里，达尔文遭到了两件家庭不幸的事。一八四九年，他衷心爱戴的老父亲去世了。但是对他来说，更大的不幸是在一八五一年他最心爱的年仅十岁的女儿安妮死了。他的其余子女（共有七个：五个儿子和两个女儿）都比父亲活得久。达尔文向青年时代的朋友、表兄弟福克司倾诉了自己的不幸。
子女以及子女的志向和教育常使达尔文非常操心。他向福克司承认，尽管他强烈憎恨刻板式的古典教育，但他没有勇气在家里教育孩子，仍然把他的大儿子送进一所古典学校，虽然也是一所最好的学校（在鲁格比）。他为几个年幼的孩子寻找这样的学校：学校里要有很多不同的课程，古典主义不能比其它课程太占优势。
总之，唐恩开始了达尔文一生的第二个时期，在这个时期内，时间象钟表一样有节奏地过去，使他（尽管长期患病）创作了许多有价值的、重要的、有时是天才的博物学方面的著作。我们看到，在唐恩生活的最初十二年内，他已经写完了《‘贝格尔’号动物学》，出版了非常重要的最后两卷《‘贝格尔’号地质学》，修改了《考察日记》，并出版了它的第二版。在这个时期，他通过《一八四四年概要》这部有条理的手稿，形成了自己的理论，并且终于出版了关于甲壳纲蔓足目的专著，这部著作占用了他很多时间，为他提供了不少有利于他的理论的实际材料。
第十二章 以后的四年。关于物种一书的准备工作。
同华莱士的事件。《物种起源》的创作
以后几年，达尔文集中精力开始写物种一书。他把任何一种新出版的著作看成他的进化结论的材料。例如，他在一封信中，分析华拉斯登的《马德拉群岛的昆虫》一书，向虎克指出，该书中所写的事实是非常有趣的，但是，作者论述的都是“一堆假设”。他补充说，他对岛上的昆虫无翼现象有他自己的解释。
在这之前，他对鸽子这样的家禽特别感兴趣，因为爱好养鸽的人已培育出各种不同的品种。他再次求助于福克司，不过这一次有着奇特的理由，并且很俏皮。他写道：“我写信的直接目的是请您作一次观察，因为我知道您是一个忙人，而要做的事又是那样多，我完全估计到，您一定会做到我需要的事情，因为这事请求一个无所事事的人①是毫无希望的。因为您有一叶诺亚方舟②，我不怀疑，您也会有鸽子（我希望它们是扇尾鸽）。我要知道的是，雏鸽的尾羽在什么年龄才充分长到可以计数的程度。我并不奢望我将来什么时候能看到一只雏鸽……”达尔文接着向福克司说明，他要搜集有关支持和反对物种不变性的事实来写一本书。目前，他感兴趣的问题是，人培育的品种在什么年龄会出现差异。他继续写道：“我必须或者自己培育鸽子（这对于我来说决不是娱乐，而是一种可怕的折磨人的事），或者购买雏鸽；不过在我去找一个卖鸽子的人以前……我很需要知道某些有关鸽子发育的情况，以便使我不致于过分无知，上当受骗”。即使给他寄来一窝普通的鸽子，这也会使他高兴的，因为他正打算制作鸽子的骨骼，并对不同品种的骨骼进行比较。信的下文很明显，他已经把野的形态同他从野的形态中培育出的家养的形态作了比较；例如，家鸭的翅膀比野鸭小，而脚却比野鸭大。
①达尔文的意见看来是反常的，但在心理上却是正确而又含蓄的。
②《圣经》中说：世界发生大洪水时，诺亚为了救他的一家和许多动物而造的大木船。这里指大群动物——译者注。
从后来的通信中十分清楚，福克司给他送来了一些刚出生一个星期的，两个星期的小鸽，此外，还送来了供研究用的老鸽。
但是，这并未使达尔文满意，因为同年五月，他获得了第一批良种鸽，后来他又成了两个养鸽学会的会员，结识了如他给自己长子信中所写的那样“一伙非常古怪的人”。我们已经说过，在鸽子的身上特别鲜明地表现出亚种和变种的多样性，而它们的繁殖则是非常迅速的。他在这方面的实践使他更加相信选配供杂交用的种畜的意义，几乎完全忽视了通过各种类型的杂交来培育新品种的意义，而这一点他准备在自己最初的《理论概要》中作一定的阐述。他在给赫胥黎的信中写道：“有一次晚上，当有人说，贝尔先生用自己的球胸鸽同罗马鸽进行了杂交，我正坐在一家小饭馆里，处于一些鸽子爱好者之中。要是你听到这种不堪入耳的新闻，看到郑重其事的、神秘的和可怕的摇头，那么你会了解，杂交与改善品种关系不大”。
鸽子爱好者使达尔文很感兴趣，他经常乐意引证养鸽专家伊顿著作中那些在赞扬鸽子的一个品种时作出如下结论的地方：如果你了解了鸽子的一切奥妙，那么“恐怕没有一个精明而有教养的人缺少了这一品种还能活得下去！！”。
后来在一八五六年十月，他在给福克司的信中写道：“在我看来，我对鸽子进行详细的研究工作是非常宝贵的，因为它向我说明了在家养状况下变异方面的很多问题。他研究了有关鸽子方面的”大量旧著作“，以便彻底研究它们各种群中的渐变。他还研究了家兔和鸭，不过比起研究鸽子来要少得多。
达尔文同著名的家禽专家捷格特迈耶尔就很多细小问题和琐事进行了大量通信。凡是使他怀疑的各种各样的问题，他都跟懂行的专家商量，这是达尔文一贯的工作方法之一，因此他的著作经常援引这个或那个专家、权威在这个或那个问题上的意见。
例如，他认为虎克是植物地理分布问题上的专家，虽然在这些问题上，他并不完全同意虎克的意见。他把自己关于生物地理分布的手稿送给虎克审查，并且在得悉虎克总的好评后才“松了一口气”。有趣的是，鉴于虎克的批评，达尔文在给虎克的信中强调指出，他越来越深信，外部条件的直接作用对进化的意义是极其微小的。他认为，外部条件引起的最大的意义是变化的能力和变异性，但是，新品种或变种的形成不是由它们决定的，而是由于选择的作用，而且不能因此就把这种形成称为偶然。
根据这种理解，他开始认为，那些以为动物的毛发越往南就越稀，越往北就越密，深水的贝壳比浅水的贝壳白，山上的昆虫体小色暗，而山上的植物绒毛多，并开出较大而且鲜艳的花的人是不对的。达尔文开始认为，上述差别早已属于变种，因为物种只是外形变化极为显著的变种（他这样给虎克写道），那也就属于物种了。换句话说，他在这里也看到了不是外部条件的直接作用，而是选择作用的结果。
看来，虎克在回信中反驳了达尔文提出的高山上的花一定绒毛多、朵儿大这样一个论点。根据达尔文的说法，虎克给高山上的植物“剃了发”。达尔文非常珍视虎克这些实际的修改，这些修改有时驳倒了达尔文从某个权威那里得到的观念。他给虎�