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达尔文以懊丧的心情写信给虎克说：“在这个问题上最有意思的是，赖尔认为，他以昔日殉道者的勇气采取了行动。”
在美国，反对达尔文这本书的主要是有影响的博物学家亚格西，还有几个教授也附和他的看法。坚决捍卫达尔文的是爱沙·葛雷，他收到了达尔文的这本书并进行了认真的研究。达尔文曾写信问爱沙·葛雷：“您最喜欢的是书中的哪一部分？”爱沙·葛雷对此写信回答说：“我认为最好的部分是这本书的整体，即这本书的结构和写作方法，大量的事实和巧妙的推论。”爱沙·葛雷曾打算出一本与众不同的“美国”版的《物种起源》，这一点他很快就实现了。他在美国的《希利曼杂志》上写了一篇评论这本书的文章，对这本书备加赞扬。达尔文认为这篇评论写得非常好。它把亚格西和达尔文两人的物种起源理论作了对比。爱沙·葛雷证明：前者是多么粗浅，后者是多么令人信服；前者是多么神秘，而后者又是多么自然。
可是亚格西并未就此罢休，于是新理论就成了一些学术会议上进行激烈争论的导火线，亚格西、波文教授和其他一些人在会上纷纷发言反对爱沙·葛雷。但是爱沙·葛雷对反对者的论点进行了详细的批驳。这个发言后来刊登在《美国科学院院报》上，它的校样寄给了达尔文。
达尔文写信给爱沙·葛雷说：“您比其他任何人都内行。我认为，您对我这本书十分清楚，如同我自己对它的认识一样；您在讨论问题时提供了许多新的例证和论据，因此使我惊奇，甚至几乎使我嫉妒……您所使用的每一个字都经过了慎重的选择，都击中了要害，其效力象是一颗三十二磅重的炮弹……我的结论是，您不应当是一位植物学家，而应当作一个律师。”
但是论战并未就此停止。奥温和亚格西继续在报刊上攻击这一理论。看来，他们的论据并不是特别有力的。例如，亚格西坚持说地质证据是完善的，他否认变异。他采取了诡辩的态度。他以讽刺的口气问道：“如果物种不存在，它们如何能够发生变异？”好象达尔文怀疑过物种存在的暂时性似的。他甚至达到了曾经否认拉丁文、希腊文和梵文是来自一个共同的起源的地步。他认为这些语言中的每一种都是独立发展起来的。众所周知，达尔文通过对各个特性差异的积累把新的变种的起源和新的方言的逐步形成作了比较。
爱沙·葛雷继续须强地进行斗争。他证明说，对《物种起源》进行了神学方面的攻击是出于误会，因为达尔文的理论似乎和牛顿的万有引力理论一样，也很少涉及较深刻的宗教观念（我们曾经指出过，爱沙·葛雷本人的宗教观念是很深的。）他就这一题目一连写了三篇文章，登在《大西洋日刊》上，总标题是：《自然选择与自然神学并非水火不相容》。
达尔文再次向爱沙·葛雷表达了自己的钦佩心情。不过他的赞扬听起来有点语意双关：“您举的许多比喻无比的好。在前一封信中，我曾说您是一个律师，那是一个极大的错误，现在我要您确信您是一个诗人。不，我向丘比德发誓，我要告诉您，您是由律师、诗人、博物学家和神学家杂交而生的一个混合种！您曾经看到过这样一个奇人吗？”
用“神学家”来讽刺爱沙·葛雷，是因为他竟然巧妙地把神学的东西塞进了达尔文的理论。达尔文在十一月二十六日给爱沙·葛雷的信中指出，他认为爱沙·葛雷滑得太远了，竟认为“变异是沿着某些有利的方向进行的”。达尔文本人反对这种看法。“我不能把每一个别的事物都看成是‘设计’的产物”。难道爱沙·葛雷真认为“扇尾鸽的尾在羽毛的数目上和生长方向上发生变异（意思是，上帝引起的变异），是为了满足少数人的爱好吗？”
达尔文在过后不久所写的几封信中不止一次地谈到这个分歧。他认为“神关心人的愚蠢的业余爱好”的想法是古怪的。一八六一年六月五日，他写信给爱沙·葛雷说：“我的意见同您的意见更加不同了。据我看，这并不是被设计的变异使得我所崇拜的神即‘自然选择’成为多余的东西，相反，是我最近研究了家养下的变异之后，我看到大量未被设计的变异正准备着进行自然选择，以便使每种生物都能适应环境。”在一八六一年四月十七日的信中，他说得更明确了：“如果我看到了一个天使从天上下来劝我们与人为善，同时我相信别人也看到了他，因而证明我并没有发疯，那么我就会相信‘设计’的说法。如果我能够确信，生命和精神以一种未知的形式表现了另一种‘不可权衡的力量’的功能，那么我就会相信设计的说法。如果人是铜或铁造成的，而且同曾经存在过的其它有机体没有任何关系，那么我或者可以相信设计的说法……”，等等。在一八六一年十二月十一日给爱沙·葛雷的信中，达尔文把爱沙·葛雷所谓的“内在意识”叫做“一个不准确的指导者”。他写道：“我不能够同意，说男人的痕迹乳房也是经过设计的。”
达尔文是一个非常诚实的人，因此后来他在一八六○年开始写的《动物和植物在家养下的变异》一书的末尾反对自己的老战友，并声明他不同意爱沙·葛雷的看法，即每一种变异都是上帝预先决定的，并且是沿着一定的路线进行的，“就象人们为灌溉而沿着一定的方向排出的水流一样。”
正是这种诚实态度使他在这本书中又提到了他对人类起源的观点，虽然当时他对这一问题还没有收集到足够的材料。
一八六○年一月，他写信给剑桥的一位老朋友詹宁斯牧师说：“关于人类，我很不愿意把自己的信念强加于人；但我认为完全隐瞒我的意见是不诚实的。当然每个人都可以自由地相信人类是由于一个特殊的奇迹而出现的，但我自己既没有看出它的必要性，也没有看出它的可能性。”
同时赫胥黎竭力想实现自己的打算，即驳斥奥温关于人在自然界中的地位的思想。早在一八五七年，奥温就提出了一种哺乳动物新的分类法，在这一分类法中，他把人跟所有其它的哺乳动物加以对比，把人区分出来，列入特殊的一个“哺乳类”的亚纲中。在这一点上，奥温依据的是人脑结构的几个特点（他认为只有人才具有这些特点），即依据下面三个存在：一、大脑半球中从上面盖住小脑的“第三部分”；二、侧脑室后角；三、所谓的小海马，即每一个脑半球的后叶室里的脑壁特别内陷。
赫胥黎对奥温提出了异议，他证明上述这些脑的特点不仅人有，而且类人猿也有。辩论持续了两年左右，直到一八六七年在剑桥召开的“英国科学协会”的一次代表大会上才结束。会上弗洛乌耶尔教授展示出解剖标本，证明高等无尾猿同人一样，也有人脑的那些特征。奥温的分类法实在荒唐，他把哺乳动物分为三个亚纲：哺乳类亚纲，他把人算作这一类；大量的其他哺乳动物，除了鸭嘴兽，都属于这一类；对鸭嘴兽他又提出了另一个概念。因此达尔文以讽刺的口吻指出：“我不能同意人区别于黑猩猩就象鸭嘴兽区别于马这种看法。那样的话，关于黑猩猩又会怎么说呢？”
一八六○年一月三日出版的《物种起源》第二版（印数三千册）也很快就销售一空。达尔文在爱沙·葛雷的帮助下开始准备另出一个“美国版（印数二千五百册）。他打算为美国版写一个历史性的序言，并想在序言里提到自己的那些先辈进化论者。促使达尔文这样作的是如下一种情况，即现在，当大家的注意力都集中到进化论和选择原理时，突然却出现了许多人，他们都妄想以首先发现这种理论和原理而自居。一八六○年四月，马太在一家园艺杂志上发表了一篇简讯，说他早在一八三一年就已经发表了二十年以后的今天达尔文先生想证明的一切。人们还向达尔文提出，法国植物学家诺丹在一八五二年时曾发表了一部书名为《关于物种的起源》的著作，其中也提出了选择的原理，人们曾运用这一原理来培植栽培作物的种子。最后，赖尔告诉达尔文说，德国人夏福浩森于一八五三年发表在德国一个省的协会杂志上的《关于物种的不变性和可变性》一文引起了他的注意，这篇论文发展了地球上的物种是由过去存在的物种变来的这一思想，还提到了中间类型的绝灭问题。所有这些作者达尔文决定在自己的序言中都要提到。例如，达尔文在提到马太的《论造船业和育树》这部著作时说，它是一部”作者清楚地看到了自然选择原理的意义“的著作。达尔文接着说：”不幸，马太先生对于这一观点的叙述非常简略，只是以片断的意见发表在阐述完全是另一个问题的一个著作的补遗中，因此没有为人们所注意。“当然，由于达尔文是一位规规矩矩的人，因此他才想在先驱者的名单中提到这些竞争者。但由于同他指出的那些人中一些人”在观点上的小小分歧“极端重要，所以显然不可能认真对待他们的主张。
总之，《物种起源》的出版是自然科学史上一个最重大的事件，因为它成了十九世纪绝大多数有学问的人改造世界观的开端。和其他任何改造一样，世界观的改造不能不经过残酷的斗争：正如我们已经指出的，应该把一个基本的主要的战士——《物种起源》一书本身放在首位，这本书紧接着一版再版，并很快被翻译成几种最主要的文字。这本书的性质，它的格调和结构以及作者非常诚恳的态度（预先提出理论中的一切难点，并尽可能客观地加以分析）——这一切都极大地帮助了这一斗争，使之取得胜利。这本书首先为自己争取了朋友，造就了象虎克、爱沙·葛雷、而特别是赫胥黎这样一些理论信徒，他们积极地参加了捍卫达尔文主义的斗争。这一斗争很快开展起来，并把广大的博物学者卷了进去。
第十四章 达尔文的新著作：《兰花的传粉》、《同种花的不同形态》、《攀缘植物》、《动物和植物在家养下的变异》。泛生论假说。继续为达尔文主义而斗争
我们已经不止一次地强调指出，达尔文把《物种起源》看作是一部“巨著”的摘要。《物种起源》仿佛宣告了他的学说，并对他的学说的一些论点提供了说明和例子，但决没有证明它们，任何人都可以引证许多别的例子，那些例子单个地来说似乎可以驳倒这些论点。这里缺少达尔文在二十年间从事物种起源问题的研究所搜集的、并据此得出他的结论的大量材料。这就是为什么在六十年代，达尔文除了再版《物种起源》外，首先着意的是这样一些著作，这些著作能够详细证明他在《物种起源》中在他看来只是简单勾画出其轮廓的东西。于是，他的巨著之一《动物和植物在家养�